75 lines
2.9 KiB
Diff
75 lines
2.9 KiB
Diff
|
--- a/scripts/Makefile 2011-12-16 18:49:26.000000000 -0800
|
||
|
|
+++ b/scripts/Makefile 2017-05-16 16:05:48.697853000 -0700
|
||
|
|
@@ -37,56 +37,56 @@
|
||
|
|
#-- not so PHONY rules --#
|
||
|
|
exact-tandems: exact-tandems.csh
|
||
|
|
$(SED) -e 's?__CSH_PATH?$(CSH)?g' \
|
||
|
|
- -e 's?__BIN_DIR?$(BIN_DIR)?g' \
|
||
|
|
- -e 's?__SCRIPT_DIR?$(SCRIPT_DIR)?g' \
|
||
|
|
+ -e 's?__BIN_DIR?$(INSTALL_BIN_DIR)?g' \
|
||
|
|
+ -e 's?__SCRIPT_DIR?$(INSTALL_SCRIPT_DIR)?g' \
|
||
|
|
exact-tandems.csh > $(BIN_DIR)/exact-tandems
|
||
|
|
chmod 755 $(BIN_DIR)/exact-tandems
|
||
|
|
|
||
|
|
mapview: mapview.pl
|
||
|
|
$(SED) -e 's?__PERL_PATH?$(PERL)?g' \
|
||
|
|
- -e 's?__SCRIPT_DIR?$(SCRIPT_DIR)?g' \
|
||
|
|
+ -e 's?__SCRIPT_DIR?$(INSTALL_SCRIPT_DIR)?g' \
|
||
|
|
mapview.pl > $(BIN_DIR)/mapview
|
||
|
|
chmod 755 $(BIN_DIR)/mapview
|
||
|
|
|
||
|
|
mummerplot: mummerplot.pl Foundation.pm
|
||
|
|
$(SED) -e 's?__PERL_PATH?$(PERL)?g' \
|
||
|
|
- -e 's?__SCRIPT_DIR?$(SCRIPT_DIR)?g' \
|
||
|
|
- -e 's?__BIN_DIR?$(BIN_DIR)?g' \
|
||
|
|
+ -e 's?__SCRIPT_DIR?$(INSTALL_SCRIPT_DIR)?g' \
|
||
|
|
+ -e 's?__BIN_DIR?$(INSTALL_BIN_DIR)?g' \
|
||
|
|
mummerplot.pl > $(BIN_DIR)/mummerplot
|
||
|
|
chmod 755 $(BIN_DIR)/mummerplot
|
||
|
|
|
||
|
|
dnadiff: dnadiff.pl Foundation.pm
|
||
|
|
$(SED) -e 's?__PERL_PATH?$(PERL)?g' \
|
||
|
|
- -e 's?__SCRIPT_DIR?$(SCRIPT_DIR)?g' \
|
||
|
|
- -e 's?__BIN_DIR?$(BIN_DIR)?g' \
|
||
|
|
+ -e 's?__SCRIPT_DIR?$(INSTALL_SCRIPT_DIR)?g' \
|
||
|
|
+ -e 's?__BIN_DIR?$(INSTALL_BIN_DIR)?g' \
|
||
|
|
dnadiff.pl > $(BIN_DIR)/dnadiff
|
||
|
|
chmod 755 $(BIN_DIR)/dnadiff
|
||
|
|
|
||
|
|
nucmer: nucmer.pl Foundation.pm
|
||
|
|
$(SED) -e 's?__PERL_PATH?$(PERL)?g' \
|
||
|
|
- -e 's?__SCRIPT_DIR?$(SCRIPT_DIR)?g' \
|
||
|
|
- -e 's?__AUX_BIN_DIR?$(AUX_BIN_DIR)?g' \
|
||
|
|
- -e 's?__BIN_DIR?$(BIN_DIR)?g' \
|
||
|
|
+ -e 's?__SCRIPT_DIR?$(INSTALL_SCRIPT_DIR)?g' \
|
||
|
|
+ -e 's?__AUX_BIN_DIR?$(INSTALL_AUX_BIN_DIR)?g' \
|
||
|
|
+ -e 's?__BIN_DIR?$(INSTALL_BIN_DIR)?g' \
|
||
|
|
nucmer.pl > $(BIN_DIR)/nucmer
|
||
|
|
chmod 755 $(BIN_DIR)/nucmer
|
||
|
|
|
||
|
|
promer: promer.pl Foundation.pm
|
||
|
|
$(SED) -e 's?__PERL_PATH?$(PERL)?g' \
|
||
|
|
- -e 's?__SCRIPT_DIR?$(SCRIPT_DIR)?g' \
|
||
|
|
- -e 's?__AUX_BIN_DIR?$(AUX_BIN_DIR)?g' \
|
||
|
|
- -e 's?__BIN_DIR?$(BIN_DIR)?g' \
|
||
|
|
+ -e 's?__SCRIPT_DIR?$(INSTALL_SCRIPT_DIR)?g' \
|
||
|
|
+ -e 's?__AUX_BIN_DIR?$(INSTALL_AUX_BIN_DIR)?g' \
|
||
|
|
+ -e 's?__BIN_DIR?$(INSTALL_BIN_DIR)?g' \
|
||
|
|
promer.pl > $(BIN_DIR)/promer
|
||
|
|
chmod 755 $(BIN_DIR)/promer
|
||
|
|
|
||
|
|
run-mummer1: run-mummer1.csh
|
||
|
|
$(SED) -e 's?__CSH_PATH?$(CSH)?g' \
|
||
|
|
- -e 's?__BIN_DIR?$(BIN_DIR)?g' \
|
||
|
|
+ -e 's?__BIN_DIR?$(INSTALL_BIN_DIR)?g' \
|
||
|
|
run-mummer1.csh > $(BIN_DIR)/run-mummer1
|
||
|
|
chmod 755 $(BIN_DIR)/run-mummer1
|
||
|
|
|
||
|
|
run-mummer3: run-mummer3.csh
|
||
|
|
$(SED) -e 's?__CSH_PATH?$(CSH)?g' \
|
||
|
|
- -e 's?__BIN_DIR?$(BIN_DIR)?g' \
|
||
|
|
+ -e 's?__BIN_DIR?$(INSTALL_BIN_DIR)?g' \
|
||
|
|
run-mummer3.csh > $(BIN_DIR)/run-mummer3
|
||
|
|
chmod 755 $(BIN_DIR)/run-mummer3
|
||
|
|
|