zhangyiss/spack
1
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Actions Packages Projects Releases Wiki Activity
Files
28982bd1035f2d6393b94acd1d1b797d6f54807a
spack/var/spack/repos/builtin/packages
History
Eric 28982bd103 r-picante: Create new package (#8117) 
* r-picante: Create new package

* Remove dependency already included in RPackage base class
2018-05-14 13:00:03 -05:00
..
abinit
…
abyss
…
accfft
…
ack
…
activeharmony
…
adept-utils
…
adios
ADIOS 1.13.1 & SZ 1.4.12.3 (#7808)
2018-04-18 10:52:13 -05:00
adios2
…
adlbx
…
adol-c
adol-c: add boost optional dependency (#7905)
2018-04-26 08:42:03 -05:00
aegean
Aegean: new package (#8113)
2018-05-14 11:10:19 -05:00
albert
…
alglib
…
allinea-forge
…
allinea-reports
…
allpaths-lg
…
alquimia
…
alsa-lib
…
amg
…
amg2013
…
amp
…
ampliconnoise
…
amrex
…
andi
…
angsd
…
ant
…
antlr
…
ants
…
ape
…
apex
…
applewmproto
…
appres
…
apr
…
apr-util
…
aragorn
ARAGORN: Create new package (#7875)
2018-04-23 16:51:42 -05:00
archer
…
argp-standalone
…
argtable
…
arlecore
…
armadillo
…
arpack-ng
…
ascent
…
asciidoc
…
aspa
…
aspcud
…
aspell
add patch to get aspell to build on OSX (#7919)
2018-04-26 15:19:52 -05:00
aspell6-de
…
aspell6-en
…
aspell6-es
…
assimp
…
astra
…
astral
…
astyle
…
atk
…
atlas
…
atom-dft
…
atompaw
…
atop
…
augustus
…
autoconf
…
autodock-vina
…
autogen
…
automaded
…
automake
Added the latest versions of a few packages (#7910)
2018-04-26 14:46:45 +02:00
bamtools
…
bamutil
…
barrnap
…
bash
…
bash-completion
…
bats
…
bazel
…
bbcp
…
bbmap
…
bc
…
bcftools
Bump samtools, hstlib and bcftools to version 1.8. (#8020)
2018-05-04 16:27:54 -05:00
bcl2fastq2
bcl2fastq2: package update (#7794)
2018-04-18 10:11:44 -05:00
bdftopcf
…
bdw-gc
…
bear
…
beast1
…
beast2
…
bedops
bedops: Create new package (#7956)
2018-05-02 08:14:00 -05:00
bedtools2
…
beforelight
…
benchmark
Updates to Google Benchmark package: (#8056)
2018-05-08 13:04:19 -05:00
berkeley-db
…
bertini
…
bib2xhtml
…
bigreqsproto
…
binutils
…
bioawk
…
biopieces
…
bismark
bismark: Create new package (#7795)
2018-04-17 14:45:10 -05:00
bison
…
bitmap
…
blast-plus
…
blat
…
blaze
…
bliss
…
blitz
…
bmake
…
bml
…
bohrium
…
bookleaf-cpp
Added BookLeaf_Cpp and Typhon packages. (#7969)
2018-05-02 10:45:30 -05:00
boost
boost: added the +numpy variant which enables building libboost_numpy (#8104)
2018-05-13 21:54:12 -05:00
boostmplcartesianproduct
…
bowtie
…
bowtie2
…
boxlib
…
bpp-core
…
bpp-phyl
…
bpp-seq
…
bpp-suite
…
bracken
…
braker
…
branson
…
breakdancer
…
breseq
…
brigand
…
bsseeker2
…
bucky
…
bumpversion
Add package for "bumpversion" (#8078)
2018-05-12 18:37:10 -05:00
busco
Use GitLab's API endpoint for fetching a git snapshot. (#7881)
2018-04-26 16:40:11 -05:00
butter
…
bwa
…
byobu
…
bzip2
…
c-blosc
…
c-lime
…
caffe
…
cairo
…
caliper
…
callpath
…
candle-benchmarks
…
cantera
…
canu
…
cap3
…
cares
…
cask
…
casper
…
catalyst
…
catch
…
cbench
…
cblas
…
cbtf
Simple updates to the Krell Institute OpenSpeedShop and CBTF components build package files. (#7812)
2018-04-18 14:05:53 -05:00
cbtf-argonavis
Simple updates to the Krell Institute OpenSpeedShop and CBTF components build package files. (#7812)
2018-04-18 14:05:53 -05:00
cbtf-argonavis-gui
Simple updates to the Krell Institute OpenSpeedShop and CBTF components build package files. (#7812)
2018-04-18 14:05:53 -05:00
cbtf-krell
Simple updates to the Krell Institute OpenSpeedShop and CBTF components build package files. (#7812)
2018-04-18 14:05:53 -05:00
cbtf-lanl
…
ccache
…
cctools
…
cdbfasta
…
cdd
…
cddlib
…
cdhit
…
cdo
…
ceed
…
cereal
…
cfitsio
…
cgal
…
cgm
…
cgns
…
charliecloud
charliecloud: fix copyright (#8115)
2018-05-14 11:09:57 -05:00
charm
…
check
…
chlorop
…
chombo
…
cistem
…
cityhash
…
clamr
…
cleaveland4
…
cleverleaf
…
clfft
…
clhep
…
clingo
…
cloc
…
cloog
…
cloverleaf
…
cloverleaf3d
…
clustalo
…
clustalw
…
cmake
cmake: update version (#7802)
2018-04-17 17:26:03 -05:00
cmocka
…
cmor
…
cnmem
…
cnpy
…
cntk
…
cntk1bitsgd
…
codar-cheetah
…
coevp
…
cohmm
…
coinhsl
…
colm
New colm, ragel packages (#7867)
2018-04-23 10:50:58 -05:00
colordiff
…
comd
…
compiz
…
compositeproto
…
conduit
…
constype
…
converge
…
coreutils
…
corset
…
cosmomc
…
cosp2
…
cp2k
…
cppad
…
cppcheck
add variant htmlreport to package cppcheck (#7824)
2018-04-21 10:26:37 -05:00
cpprestsdk
…
cppunit
…
cppzmq
…
cpu-features
…
cpuinfo
Add a new package: cpuinfo. (#7895)
2018-04-25 10:04:45 -05:00
cram
…
cryptopp
…
cscope
…
csdp
…
ctffind
…
cub
…
cube
…
cuda
…
cuda-memtest
…
cudnn
…
cufflinks
…
cups
…
curl
self has no attribute named satisfies. (#7826)
2018-04-19 12:43:12 -05:00
cvs
…
czmq
…
dakota
…
daligner
…
damageproto
…
damselfly
…
darshan-runtime
…
darshan-util
…
dash
…
datamash
…
dataspaces
…
dbus
…
dealii
dealii: another fix for quick tests only in 9.0 and thus hash (#8114)
2018-05-14 11:07:19 -05:00
deconseq-standalone
…
dejagnu
…
delly2
…
denovogear
…
dia
…
dialign-tx
…
diamond
DIAMOND: Add version 0.9.20 (#7847)
2018-04-21 09:57:06 -05:00
diffsplice
…
direnv
…
discovar
…
discovardenovo
…
dislin
shoremap: new package (#7343)
2018-05-12 08:22:45 +02:00
dlpack
…
dmlc-core
…
dmxproto
…
docbook-xml
…
docbook-xsl
…
dos2unix
…
double-conversion
…
doxygen
…
dri2proto
…
dri3proto
…
dsdp
…
dsrc
…
dtcmp
…
dyninst
…
ea-utils
…
easybuild
…
ebms
…
eccodes
…
ecp-proxy-apps
…
ed
…
editres
…
eigen
…
elemental
…
elfutils
…
elk
…
elpa
…
emacs
…
emboss
…
encodings
…
environment-modules
…
eospac
Patch eospac package to allow compilation with %clang. (#7928)
2018-04-29 18:40:27 -06:00
es
…
esmf
…
espresso
…
essl
…
ethminer
…
etsf-io
…
everytrace
Everytrace: update (#7995)
2018-05-03 17:00:21 -05:00
everytrace-example
…
evieext
…
exabayes
…
examinimd
…
exampm
…
exasp2
…
exmcutils
…
exodusii
…
exonerate
…
expat
…
expect
…
express
…
extrae
…
exuberant-ctags
…
f90cache
…
fabtests
fabtests: new package (#7837)
2018-04-25 10:29:29 -05:00
falcon
…
farmhash
…
fastjar
…
fastmath
…
fastme
…
fastphase
…
fastq-screen
…
fastqc
…
fastqvalidator
…
fasttree
…
fastx-toolkit
…
fenics
…
fermi
…
fermikit
…
ferret
…
ffmpeg
…
fftw
…
fimpute
…
findutils
…
fio
…
fish
…
fixesproto
…
flac
…
flang
…
flann
…
flash
…
flecsale
…
flecsi
…
flex
…
flint
…
flit
…
fltk
…
flux
…
fluxbox
…
fmt
…
foam-extend
…
folly
…
font-adobe-75dpi
…
font-adobe-100dpi
…
font-adobe-utopia-75dpi
…
font-adobe-utopia-100dpi
…
font-adobe-utopia-type1
…
font-alias
…
font-arabic-misc
…
font-bh-75dpi
…
font-bh-100dpi
…
font-bh-lucidatypewriter-75dpi
…
font-bh-lucidatypewriter-100dpi
…
font-bh-ttf
…
font-bh-type1
…
font-bitstream-75dpi
…
font-bitstream-100dpi
…
font-bitstream-speedo
…
font-bitstream-type1
…
font-cronyx-cyrillic
…
font-cursor-misc
…
font-daewoo-misc
…
font-dec-misc
…
font-ibm-type1
…
font-isas-misc
…
font-jis-misc
…
font-micro-misc
…
font-misc-cyrillic
…
font-misc-ethiopic
…
font-misc-meltho
…
font-misc-misc
…
font-mutt-misc
…
font-schumacher-misc
…
font-screen-cyrillic
…
font-sony-misc
…
font-sun-misc
…
font-util
…
font-winitzki-cyrillic
…
font-xfree86-type1
…
fontcacheproto
…
fontconfig
…
fontsproto
…
fonttosfnt
…
fp16
Add a new package: fp16. (#7896)
2018-04-25 07:30:07 -05:00
fpc
…
fr-hit
…
freebayes
…
freeglut
freeglut: new package (#7820)
2018-04-18 19:49:42 -05:00
freetype
freetype: adding subdir to cpath for deps (#7818)
2018-04-19 09:00:49 -05:00
fseq
…
fsl
…
fslsfonts
…
fstobdf
…
funhpc
…
gapbs
…
gapcloser
…
gapfiller
…
gasnet
…
gatk
Bump gatk version to 4.0.4.0. (#7985)
2018-05-03 10:08:48 -05:00
gaussian
…
gawk
…
gblocks
…
gcc
macOS-specific patch no longer applies to GCC 8 (#8029)
2018-05-06 09:28:33 -05:00
gccmakedep
…
gccxml
…
gconf
…
gcta
…
gdal
gdal: update (#8008)
2018-05-03 22:55:31 -05:00
gdb
Add gdb@8.1; add optional lzma dependency for debug information support (#8068)
2018-05-08 21:08:39 -05:00
gdbm
Package 'gdbm': do not set CC. (#7912)
2018-04-26 08:44:17 -05:00
gdk-pixbuf
…
geant4
…
gearshifft
…
gemmlowp
…
genemark-et
…
genomefinisher
genomefinisher: Create new package (#7989)
2018-05-03 13:11:00 -05:00
genometools
Aegean: new package (#8113)
2018-05-14 11:10:19 -05:00
geopm
…
geos
…
gettext
…
gflags
…
ghost
…
ghostscript
…
ghostscript-fonts
…
giflib
…
git
Added the latest versions of a few packages (#7910)
2018-04-26 14:46:45 +02:00
git-imerge
…
git-lfs
…
gl2ps
…
glew
glew: adding gl dependency (#7817)
2018-04-18 17:58:45 -05:00
glfmultiples
…
glib
…
glimmer
…
glm
…
global
…
globalarrays
…
globus-toolkit
…
glog
…
gloo
Add a new package: gloo. (#7894)
2018-04-25 10:05:16 -05:00
glpk
…
glproto
…
glvis
…
gmake
…
gmap-gsnap
…
gmime
…
gmp
gmp: update (#7999)
2018-05-03 16:53:19 -05:00
gmsh
gmsh: add netgen and tetgen (#8060)
2018-05-11 14:22:12 +02:00
gnat
…
gnu-prolog
…
gnupg
…
gnuplot
gnuplot: add 5.2.2 (#7831)
2018-04-21 10:24:36 -05:00
gnutls
…
go
go: Update to 1.10.2 (#7982)
2018-05-03 12:14:52 +02:00
go-bootstrap
…
gobject-introspection
…
googletest
googletest: add variant to enable/disable threads (#8052)
2018-05-08 12:42:57 -05:00
gotcha
…
gource
…
gperf
…
gperftools
…
grackle
Add grackle 3.1 (#7805)
2018-04-18 07:23:09 -05:00
gradle
…
grandr
…
graph500
…
graphlib
…
graphmap
…
graphviz
…
grib-api
…
groff
…
gromacs
…
gsl
…
gslib
…
gtkorvo-atl
…
gtkorvo-cercs-env
…
gtkorvo-dill
…
gtkorvo-enet
…
gtkplus
…
gts
…
guidance
…
guile
…
gurobi
…
h5hut
…
h5part
…
h5utils
…
h5z-zfp
…
hacckernels
Use GitLab's API endpoint for fetching a git snapshot. (#7881)
2018-04-26 16:40:11 -05:00
hadoop
Added the latest versions of a few packages (#7910)
2018-04-26 14:46:45 +02:00
hapcut2
…
hapdip
…
haploview
…
harfbuzz
…
harminv
…
hdf
…
hdf5
…
hdf5-blosc
…
help2man
…
hepmc
…
heppdt
…
hic-pro
Hic-Pro: fix a typo and replace hard-coded version. (#8022)
2018-05-04 10:56:04 -05:00
highfive
…
highwayhash
…
hiop
…
hisat2
…
hisea
hisea: new package (#8112)
2018-05-14 09:46:54 -05:00
hmmer
…
hoomd-blue
…
hpccg
…
hpctoolkit
…
hpctoolkit-externals
…
hpgmg
…
hpl
…
hpx
…
hpx5
…
hsakmt
…
hstr
…
htop
…
htslib
Bump samtools, hstlib and bcftools to version 1.8. (#8020)
2018-05-04 16:27:54 -05:00
httpie
…
hub
…
hunspell
…
hwloc
…
hybpiper
…
hydra
…
hypre
petsc and slepc: add 3.9.0; hypre: add 2.14 (needed by petsc) (#7877)
2018-04-24 07:10:46 -05:00
i3
…
ibmisc
…
iceauth
…
icedtea
…
icet
Use GitLab's API endpoint for fetching a git snapshot. (#7881)
2018-04-26 16:40:11 -05:00
ico
…
icu4c
…
id3lib
…
idba
…
igraph
…
igv
…
igvtools
…
ilmbase
…
image-magick
…
imake
…
imp
A new pacakge: IMP. (#7859)
2018-04-21 13:08:44 -05:00
impute2
…
infernal
…
inputproto
…
intel
…
intel-daal
…
intel-gpu-tools
…
intel-ipp
…
intel-mkl
…
intel-mkl-dnn
…
intel-mpi
…
intel-parallel-studio
…
intel-tbb
…
intel-xed
…
intltool
intltool requires patching for newer perl versions (#8061)
2018-05-08 17:53:50 -05:00
ior
…
iozone
…
ipopt
…
isaac
…
isaac-server
…
isl
…
itstool
…
itsx
…
jags
…
jansson
…
jasper
…
jbigkit
…
jchronoss
…
jdk
Added the latest versions of a few packages (#7910)
2018-04-26 14:46:45 +02:00
jellyfish
jellyfish: fixing url for v2 package retrieval (#7849)
2018-04-21 09:56:38 -05:00
jemalloc
…
jmol
…
jq
…
json-c
…
json-cwx
…
json-glib
…
jsoncpp
…
judy
…
julia
…
k8
…
kahip
…
kaiju
A new pacakge: Kaiju. (#8111)
2018-05-14 11:07:00 -05:00
kaks-calculator
…
kaldi
…
kallisto
…
kbproto
…
kdiff3
…
kealib
…
kentutils
…
kmergenie
…
kokkos
Added OpenMP Variant for Kokkos (#7902)
2018-04-25 10:50:58 -05:00
kraken
…
krb5
Add package wireshark and dependencies (#8024)
2018-05-06 09:32:06 -05:00
krims
…
kripke
…
kvasir-mpl
…
laghos
…
lammps
…
last
…
latte
…
launchmon
…
lazyten
…
lbann
opencv updates for lbann (#6502)
2018-05-08 17:55:12 -07:00
lbxproxy
…
lcals
…
lcms
…
ldc
…
ldc-bootstrap
…
legion
…
leveldb
…
lftp
…
libaec
Use GitLab's API endpoint for fetching a git snapshot. (#7881)
2018-04-26 16:40:11 -05:00
libaio
…
libapplewm
…
libarchive
…
libassuan
…
libatomic-ops
…
libbeagle
…
libbsd
…
libbson
…
libcanberra
…
libcap
…
libceed
…
libcerf
…
libcheck
…
libcint
Add libcint version 3.0.12 (#7972)
2018-05-02 10:44:58 -05:00
libcircle
…
libconfig
…
libcroco
…
libctl
…
libdivsufsort
…
libdmx
…
libdrm
…
libdwarf
…
libedit
…
libelf
…
libemos
…
libepoxy
…
libev
…
libevent
…
libevpath
…
libfabric
Libfabric: updating fabrics & adding deps (#7838)
2018-04-25 10:35:36 -05:00
libffi
…
libffs
…
libfontenc
…
libfs
…
libgcrypt
…
libgd
…
libgit2
…
libgpg-error
…
libgpuarray
…
libgridxc
…
libgtextutils
…
libharu
…
libhio
…
libice
…
libiconv
…
libint
…
libjpeg
…
libjpeg-turbo
Add cmake for newer version of libjpeg-turbo (#8102)
2018-05-13 22:01:36 -05:00
libksba
…
liblbxutil
…
liblockfile
…
libmatheval
…
libmaxminddb
Add package wireshark and dependencies (#8024)
2018-05-06 09:32:06 -05:00
libmesh
…
libmng
…
libmongoc
…
libmonitor
…
libnbc
…
libnl
libnl: new package (#7833)
2018-04-25 10:33:01 -05:00
libogg
…
liboldx
…
libpcap
…
libpciaccess
…
libpfm4
…
libpipeline
…
libpng
…
libpsl
…
libpthread-stubs
…
libquo
…
librom
…
libshm
A new library: libshm. (#8028)
2018-05-05 17:16:48 -05:00
libsigsegv
…
libsm
…
libsodium
…
libspatialindex
…
libsplash
…
libssh
add variants and conflicts for curl (#7804)
2018-04-19 07:23:16 -05:00
libssh2
…
libsvm
…
libszip
…
libtermkey
…
libtiff
…
libtool
…
libunistring
…
libunwind
…
libuuid
…
libuv
…
libvorbis
…
libvterm
…
libwebsockets
…
libwindowswm
…
libx11
…
libxau
…
libxaw
…
libxaw3d
…
libxc
…
libxcb
…
libxcomposite
…
libxcursor
…
libxdamage
…
libxdmcp
…
libxevie
…
libxext
…
libxfixes
…
libxfont
…
libxfont2
…
libxfontcache
…
libxft
…
libxi
…
libxinerama
…
libxkbcommon
…
libxkbfile
…
libxkbui
…
libxml2
libxml2: adding subdir to cpath for deps (#7819)
2018-04-19 09:01:11 -05:00
libxmu
…
libxp
…
libxpm
…
libxpresent
…
libxprintapputil
…
libxprintutil
…
libxrandr
…
libxrender
…
libxres
…
libxscrnsaver
…
libxshmfence
…
libxslt
…
libxsmm
…
libxstream
…
libxt
shoremap: new package (#7343)
2018-05-12 08:22:45 +02:00
libxtrap
…
libxtst
…
libxv
…
libxvmc
…
libxxf86dga
…
libxxf86misc
…
libxxf86vm
…
libyogrt
…
libzip
…
likwid
…
linkphase3
…
linux-headers
…
listres
…
llvm
llvm: replace @when with internal check in @run_before (#8092)
2018-05-11 12:32:26 -07:00
llvm-openmp-ompt
…
lmdb
…
lmod
Added the latest versions of a few packages (#7910)
2018-04-26 14:46:45 +02:00
lndir
…
log4cplus
…
log4cxx
…
loki
A new package: loki. (#7908)
2018-04-26 08:37:03 -05:00
lrslib
…
lrzip
…
lsof
…
ltrace
…
lua
…
lua-bitlib
…
lua-jit
…
lua-lpeg
…
lua-luafilesystem
…
lua-luaposix
…
lua-mpack
…
luit
…
lulesh
…
lumpy-sv
…
lwgrp
…
lwm2
…
lz4
…
lzma
…
lzo
…
m4
…
macsio
…
mad-numdiff
…
mafft
…
magics
…
magma
…
makedepend
…
mallocmc
…
man-db
…
manta
manta: Create new package (#8043)
2018-05-07 17:22:43 -05:00
maq
…
mariadb
…
masa
…
masurca
masurca: new version (#8094)
2018-05-11 14:43:21 -05:00
matio
…
matlab
…
maven
…
maverick
…
mawk
…
mbedtls
…
mc
…
mcl
…
mdtest
…
meep
…
mefit
…
memaxes
…
meme
…
meraculous
…
mercurial
…
mesa
…
mesa-glu
…
meshkit
…
meson
…
mesquite
…
metabat
metabat: Create new package (#7991)
2018-05-06 10:56:03 -05:00
metaphysicl
…
metasv
…
metis
…
mfem
mfem: fix concretization (#7923)
2018-04-28 07:16:43 -05:00
microbiomeutil
…
minced
…
mindthegap
…
miniaero
…
miniamr
…
miniasm
…
miniconda2
…
miniconda3
…
minife
…
minighost
…
minigmg
…
minimap2
…
minimd
…
miniqmc
…
minisign
…
minismac2d
…
minitri
…
minixyce
…
mira
…
mirdeep
…
mitofates
…
mitos
…
mkfontdir
…
mkfontscale
…
mlhka
…
moab
…
modern-wheel
…
molcas
…
mono
Add a new version 5.4.1.7 for mono. (#7866)
2018-04-23 07:31:29 -05:00
mosh
…
mothur
…
motif
…
motioncor2
…
mozjs
…
mpark-variant
…
mpc
…
mpe2
…
mpest
…
mpfr
…
mpibash
…
mpiblast
…
mpich
…
mpifileutils
mpifileutils: roll back to dtcmp v1.0.3, add option to build master branch (#7949)
2018-04-30 18:46:17 -05:00
mpileaks
…
mpip
…
mpir
…
mpix-launch-swift
…
mrbayes
…
mrnet
…
mrtrix3
…
mscgen
…
msgpack-c
…
mshadow
…
multitail
…
multiverso
…
mummer
…
mumps
…
munge
…
muparser
…
muscle
…
muse
…
muster
…
mvapich2
mvapich2: add 2.3rc2 (#7976)
2018-05-02 14:23:32 -05:00
mxml
…
mxnet
…
nag
…
nalu
…
namd
…
nano
…
nanoflann
…
nanopb
A new package: nanopb. (#7981)
2018-05-03 10:12:37 -05:00
nasm
…
nauty
…
ncbi-rmblastn
…
nccl
…
nccmp
…
ncdu
…
ncftp
…
ncl
…
nco
…
ncurses
…
ncview
…
ndiff
…
nek5000
…
nekbone
…
nekcem
…
neovim
…
netcdf
netcdf: added version 4.6.1 (#8098)
2018-05-12 17:24:59 +02:00
netcdf-cxx
…
netcdf-cxx4
…
netcdf-fortran
…
netgauge
…
netgen
gmsh: add netgen and tetgen (#8060)
2018-05-11 14:22:12 +02:00
netlib-lapack
…
netlib-scalapack
…
netlib-xblas
…
nettle
…
neuron
…
nextflow
…
nfft
nfft: added version 3.4.1 Moved package to github (#8099)
2018-05-12 17:25:28 +02:00
nghttp2
…
nginx
…
ngmlr
…
ninja
…
ninja-fortran
…
nlohmann-json
…
nlopt
…
nmap
…
nnvm
…
node-js
…
notmuch
…
npb
…
npm
…
npth
…
nspr
…
numactl
…
numdiff
…
nut
…
nwchem
…
ocaml
…
occa
…
oce
…
oclint
…
oclock
…
octave
…
octave-optim
…
octave-splines
…
octave-struct
…
octopus
…
of-adios-write
…
omega-h
omega-h: new package (#7861)
2018-04-22 17:26:52 -05:00
ompss
…
ompt-openmp
…
oniguruma
…
ont-albacore
…
opa-psm2
…
opam
…
opari2
…
openbabel
…
openblas
…
opencoarrays
…
opencv
opencv updates for lbann (#6502)
2018-05-08 17:55:12 -07:00
openexr
…
openfast
…
openfoam-com
…
openfoam-org
…
openfst
…
opengl
…
openglu
…
openjpeg
…
openmc
openmc is not a proxy (#7968)
2018-05-02 06:48:16 -06:00
openmpi
openmpi: new version (#8055)
2018-05-08 12:35:44 -05:00
opennurbs
…
openpmd-api
openPMD-api (#7765)
2018-04-19 09:04:07 -05:00
openscenegraph
…
openslide
A new package: openslide. (#7906)
2018-04-26 07:17:15 +02:00
openspeedshop
Simple updates to the Krell Institute OpenSpeedShop and CBTF components build package files. (#7812)
2018-04-18 14:05:53 -05:00
openssh
…
openssl
…
opium
…
opus
…
orfm
…
orthofinder
…
orthomcl
…
osu-micro-benchmarks
…
otf
…
otf2
…
p4est
…
p7zip
…
pacbio-daligner
…
pacbio-damasker
…
pacbio-dazz-db
…
pacbio-dextractor
…
pagit
…
pagmo
…
paml
…
panda
…
pandaseq
…
pango
…
papi
…
papyrus
a new package: papyrus. (#8023)
2018-05-04 18:51:37 -05:00
paradiseo
…
parallel
…
parallel-netcdf
…
paraver
…
paraview
…
parmetis
…
parmgridgen
…
parsimonator
…
parsplice
Use GitLab's API endpoint for fetching a git snapshot. (#7881)
2018-04-26 16:40:11 -05:00
partitionfinder
…
patch
…
patchelf
…
pathfinder
…
pax-utils
…
pbmpi
…
pcma
…
pcre
…
pcre2
…
pdf2svg
new package: py-weblogo (#7886)
2018-04-24 19:31:37 -07:00
pdsh
…
pdt
…
pegtl
…
pennant
…
percept
…
perl
perl: add 5.26.2 (#7984)
2018-05-07 13:40:32 -05:00
perl-algorithm-diff
…
perl-app-cmd
…
perl-array-utils
…
perl-b-hooks-endofscope
…
perl-bio-perl
…
perl-bit-vector
…
perl-cairo
…
perl-capture-tiny
…
perl-carp-clan
…
perl-class-data-inheritable
…
perl-class-inspector
…
perl-class-load
…
perl-class-load-xs
…
perl-contextual-return
…
perl-cpan-meta-check
…
perl-data-optlist
…
perl-data-stag
…
perl-dbd-mysql
…
perl-dbfile
…
perl-dbi
…
perl-devel-cycle
…
perl-devel-globaldestruction
…
perl-devel-overloadinfo
…
perl-devel-stacktrace
…
perl-digest-md5
…
perl-dist-checkconflicts
…
perl-encode-locale
…
perl-eval-closure
…
perl-exception-class
…
perl-exporter-tiny
…
perl-extutils-depends
…
perl-extutils-makemaker
…
perl-extutils-pkgconfig
perl-extutils-pkgconfig: Add pkg-config dependency (#8045)
2018-05-09 13:10:36 -05:00
perl-file-copy-recursive
…
perl-file-listing
…
perl-file-pushd
…
perl-file-sharedir-install
…
perl-file-slurp-tiny
…
perl-file-slurper
…
perl-file-which
…
perl-font-ttf
…
perl-gd
…
perl-gd-graph
…
perl-gd-text
…
perl-graph
…
perl-graph-readwrite
…
perl-html-parser
…
perl-html-tagset
…
perl-http-cookies
…
perl-http-daemon
…
perl-http-date
…
perl-http-message
…
perl-http-negotiate
…
perl-inline
…
perl-inline-c
…
perl-intervaltree
…
perl-io-html
…
perl-io-sessiondata
…
perl-io-socket-ssl
…
perl-io-string
…
perl-json
…
perl-libwww-perl
py-mg-rast-tools: Create new package and its dependencies. (#7816)
2018-04-21 10:28:44 -05:00
perl-list-moreutils
…
perl-log-log4perl
…
perl-lwp
…
perl-lwp-mediatypes
…
perl-lwp-protocol-https
…
perl-math-cdf
…
perl-math-matrixreal
…
perl-module-build
…
perl-module-implementation
…
perl-module-runtime
…
perl-module-runtime-conflicts
…
perl-moose
…
perl-mozilla-ca
…
perl-mro-compat
…
perl-namespace-clean
…
perl-net-http
…
perl-net-scp-expect
…
perl-net-ssleay
…
perl-package-deprecationmanager
…
perl-package-stash
…
perl-package-stash-xs
…
perl-padwalker
…
perl-parallel-forkmanager
…
perl-params-util
…
perl-parse-recdescent
…
perl-pdf-api2
…
perl-pegex
…
perl-perlio-gzip
…
perl-perlio-utf8-strict
…
perl-soap-lite
…
perl-star-fusion
…
perl-statistics-descriptive
…
perl-statistics-pca
perl-statistics-pca: Create new package (#7796)
2018-04-17 13:30:12 -05:00
perl-sub-exporter
…
perl-sub-exporter-progressive
…
perl-sub-identify
…
perl-sub-install
…
perl-sub-name
…
perl-sub-uplevel
…
perl-svg
…
perl-swissknife
…
perl-task-weaken
…
perl-term-readkey
…
perl-test-cleannamespaces
…
perl-test-deep
…
perl-test-differences
…
perl-test-exception
…
perl-test-fatal
…
perl-test-memory-cycle
…
perl-test-most
…
perl-test-needs
…
perl-test-requires
…
perl-test-requiresinternet
…
perl-test-warn
…
perl-test-warnings
…
perl-text-csv
…
perl-text-diff
…
perl-text-simpletable
…
perl-text-unidecode
…
perl-time-hires
…
perl-time-piece
…
perl-try-tiny
…
perl-uri
…
perl-uri-escape
…
perl-version
…
perl-want
…
perl-www-robotrules
…
perl-xml-libxml
…
perl-xml-parser
…
perl-xml-parser-lite
…
perl-xml-simple
…
perl-yaml-libyaml
…
petsc
petsc: specify number of processors used for test case (#8015)
2018-05-10 10:49:18 -07:00
pexsi
…
pfft
…
pflotran
…
pfunit
pfunit: update (#7994)
2018-05-03 17:02:20 -05:00
pgdspider
…
pgi
Bump pgi to 18.4. (#7980)
2018-05-03 10:12:17 -05:00
phantompeakqualtools
…
phasta
…
phist
…
phylip
…
picard
Added the latest versions of a few packages (#7910)
2018-04-26 14:46:45 +02:00
pidx
…
pigz
…
pilon
…
pindel
…
piranha
…
pism
pism: new package (#8010)
2018-05-03 22:54:00 -05:00
pixman
Add patch (#8034)
2018-05-07 09:51:27 -05:00
pkg-config
…
pkgconf
pkgconf: use alpine linux mirror to avoid ssl error (#8039)
2018-05-07 10:46:58 -06:00
planck-likelihood
…
plasma
…
plink
plink: new source version 1.9-beta5 (#8076)
2018-05-12 18:38:22 -05:00
plumed
…
pmgr-collective
…
pmix
pmix: add 1.2.5 and 2.0.3 bug fix releases (#8097)
2018-05-11 21:58:29 -05:00
pnfft
…
pngwriter
…
pnmpi
…
poamsa
…
pocl
…
polymake
…
poppler
new package: py-weblogo (#7886)
2018-04-24 19:31:37 -07:00
porta
…
portage
…
postgresql
…
ppl
…
prank
…
presentproto
…
preseq
…
price
…
primer3
…
prinseq-lite
prinseq-lite: Create new package (#7873)
2018-04-23 16:11:27 -05:00
printproto
…
probconsrna
…
prodigal
…
proj
…
protobuf
Add 3.5.2; Add optional cpp implementation enable for py-protobuf (#8069)
2018-05-09 20:52:39 -05:00
proxymngr
…
pruners-ninja
…
ps-lite
…
psi4
…
psm
psm: new package (#7834)
2018-04-25 10:34:31 -05:00
psmc
psmc: new package (#7773)
2018-04-17 13:30:30 -05:00
pstreams
…
pugixml
…
pumi
…
pvm
…
py-3to2
…
py-4suite-xml
…
py-abipy
…
py-adios
…
py-affine
…
py-alabaster
…
py-apache-libcloud
…
py-apipkg
…
py-appdirs
…
py-appnope
…
py-apscheduler
…
py-argcomplete
…
py-argparse
…
py-ase
…
py-asn1crypto
…
py-astroid
…
py-astropy
…
py-attrs
…
py-autopep8
…
py-babel
…
py-backports-abc
…
py-backports-functools-lru-cache
…
py-backports-shutil-get-terminal-size
…
py-backports-ssl-match-hostname
…
py-basemap
…
py-bcbio-gff
…
py-beautifulsoup4
…
py-binwalk
…
py-biom-format
…
py-biopython
…
py-bitarray
…
py-bitstring
…
py-bleach
…
py-blessings
…
py-bokeh
…
py-boltons
…
py-bottleneck
…
py-breakseq2
…
py-brian
…
py-brian2
…
py-bsddb3
py-bsddb3: update (#8006)
2018-05-03 19:20:14 -05:00
py-bx-python
…
py-cclib
…
py-cdat-lite
…
py-cdo
…
py-certifi
…
py-cffi
…
py-chardet
…
py-checkm-genome
…
py-click
…
py-cligj
…
py-cnvkit
Py cnvkit: updating dependencies (#8057)
2018-05-08 17:54:15 -05:00
py-cogent
…
py-colorama
…
py-colormath
…
py-configparser
…
py-counter
…
py-coverage
…
py-cpuinfo
…
py-crispresso
py-crispresso: Create new package (#7990)
2018-05-03 13:09:59 -05:00
py-crossmap
…
py-cryptography
…
py-csvkit
…
py-current
…
py-cutadapt
…
py-cvxopt
…
py-cycler
…
py-cython
py-cython: update (#8005)
2018-05-03 16:46:15 -05:00
py-dask
…
py-dateutil
…
py-dbf
…
py-decorator
…
py-deeptools
…
py-dendropy
…
py-dev
…
py-dill
…
py-discover
…
py-dlcpar
py-dlcpar: Add package description (#8032)
2018-05-07 06:44:16 -05:00
py-docutils
…
py-doxypy
…
py-doxypypy
…
py-dryscrape
…
py-dxchange
…
py-dxfile
…
py-easybuild-easyblocks
…
py-easybuild-easyconfigs
…
py-easybuild-framework
…
py-edffile
…
py-editdistance
…
py-elasticsearch
…
py-elephant
…
py-emcee
…
py-entrypoints
…
py-enum34
…
py-epydoc
…
py-espresso
…
py-espressopp
…
py-et-xmlfile
…
py-eventlet
…
py-execnet
…
py-fastaindex
…
py-fasteners
…
py-faststructure
…
py-fiscalyear
…
py-flake8
…
py-flask
…
py-flask-compress
…
py-flask-socketio
…
py-flexx
…
py-fparser
…
py-funcsigs
…
py-functools32
…
py-future
…
py-futures
…
py-gdbgui
…
py-genders
…
py-genshi
…
py-gevent
…
py-git2
…
py-git-review
…
py-gnuplot
…
py-goatools
…
py-gpaw
…
py-greenlet
…
py-griddataformats
…
py-guidata
…
py-guiqwt
…
py-h5py
…
py-html2text
…
py-html5lib
…
py-htseq
…
py-httpbin
…
py-hypothesis
…
py-idna
…
py-igraph
…
py-illumina-utils
…
py-imagesize
…
py-iminuit
…
py-importlib
…
py-ipaddress
…
py-ipdb
…
py-ipykernel
…
py-ipython
…
py-ipython-genutils
…
py-ipywidgets
…
py-isort
…
py-itsdangerous
…
py-jdcal
…
py-jedi
…
py-jinja2
…
py-joblib
…
py-jpype
…
py-jsonschema
…
py-junit-xml
…
py-jupyter-client
…
py-jupyter-console
…
py-jupyter-core
…
py-jupyter-notebook
…
py-keras
…
py-kiwisolver
…
py-latexcodec
…
py-lazy
…
py-lazy-object-proxy
…
py-lazyarray
…
py-libconf
…
py-libensemble
…
py-line-profiler
…
py-linecache2
…
py-lit
…
py-llvmlite
Update py-llvmlite to reflect llvm@6 requirement for versions >0.23.0 (#8109)
2018-05-14 11:26:01 -05:00
py-lmfit
…
py-localcider
…
py-lockfile
…
py-logilab-common
…
py-lrudict
…
py-lxml
…
py-lzstring
…
py-macholib
…
py-machotools
…
py-macs2
…
py-maestrowf
…
py-mako
…
py-mappy
…
py-markdown
…
py-markupsafe
…
py-matplotlib
…
py-mccabe
…
py-mdanalysis
…
py-meep
…
py-memory-profiler
…
py-methylcode
…
py-mg-rast-tools
py-mg-rast-tools: Create new package and its dependencies. (#7816)
2018-04-21 10:28:44 -05:00
py-misopy
…
py-mistune
…
py-mock
…
py-moltemplate
…
py-mongo
…
py-monotonic
…
py-monty
…
py-more-itertools
py-more-itertools: new package (#8004)
2018-05-04 16:27:14 -05:00
py-mpi4py
…
py-mpmath
…
py-multiprocess
…
py-multiqc
…
py-mx
…
py-mxnet
…
py-myhdl
…
py-mysqldb1
…
py-natsort
…
py-nbconvert
…
py-nbformat
…
py-neo
…
py-nestle
…
py-netcdf4
…
py-netifaces
…
py-networkx
…
py-nose
…
py-nosexcover
…
py-numba
…
py-numexpr
…
py-numexpr3
Add numexpr 3 (#8107)
2018-05-14 09:46:14 -05:00
py-numpy
py-numpy: update (#8003)
2018-05-03 22:53:41 -05:00
py-numpydoc
…
py-olefile
…
py-ont-fast5-api
…
py-openpmd-validator
…
py-openpyxl
…
py-openslide-python
A new package: py-openslide-python. (#7907)
2018-05-03 08:37:52 -05:00
py-ordereddict
…
py-oset
…
py-packaging
…
py-palettable
…
py-pandas
…
py-paramiko
…
py-pathlib2
…
py-pathos
…
py-pathspec
…
py-patsy
…
py-pbr
…
py-perf
…
py-performance
…
py-periodictable
…
py-petsc4py
…
py-pexpect
…
py-phonopy
…
py-pickleshare
…
py-pil
…
py-pillow
…
py-pip
…
py-pipits
…
py-pkgconfig
…
py-plotly
…
py-ply
…
py-pmw
…
py-poster
py-mg-rast-tools: Create new package and its dependencies. (#7816)
2018-04-21 10:28:44 -05:00
py-pox
…
py-ppft
…
py-prettytable
…
py-proj
…
py-prompt-toolkit
…
py-protobuf
Add 3.5.2; Add optional cpp implementation enable for py-protobuf (#8069)
2018-05-09 20:52:39 -05:00
py-psutil
…
py-psyclone
…
py-ptyprocess
…
py-pudb
…
py-py
…
py-py2bit
…
py-py2cairo
…
py-py2neo
…
py-py4j
…
py-pyani
…
py-pyasn1
…
py-pybedtools
…
py-pybigwig
…
py-pybind11
pybind11: v2.2.3 (#8051)
2018-05-08 12:43:38 -05:00
py-pybtex
…
py-pybtex-docutils
…
py-pychecker
…
py-pycodestyle
…
py-pycparser
…
py-pycrypto
…
py-pycurl
…
py-pydatalog
…
py-pydispatcher
…
py-pydot
…
py-pyelftools
…
py-pyfaidx
…
py-pyfasta
…
py-pyfftw
…
py-pyflakes
…
py-pygdbmi
…
py-pygments
…
py-pygobject
…
py-pygpu
…
py-pygtk
…
py-pylint
…
py-pymatgen
…
py-pyminifier
…
py-pymol
py-pymol: new package (#7823)
2018-04-21 10:28:09 -05:00
py-pympler
…
py-pynn
…
py-pypar
…
py-pyparsing
…
py-pypeflow
…
py-pyprof2html
…
py-pyqt
…
py-pyrad
…
py-pysam
Bump pysam to 0.14.1. (#7988)
2018-05-04 22:11:26 -05:00
py-pyscaf
…
py-pyserial
…
py-pyside
py-pyside: update (#8002)
2018-05-03 16:50:55 -05:00
py-pysocks
…
py-pysqlite
py-pysqlite: Create new package (#8042)
2018-05-07 13:42:24 -05:00
py-pytables
…
py-pytest
…
py-pytest-cov
…
py-pytest-flake8
…
py-pytest-httpbin
…
py-pytest-mock
…
py-pytest-runner
…
py-pytest-xdist
…
py-python-daemon
…
py-python-engineio
…
py-python-gitlab
…
py-python-levenshtein
…
py-python-socketio
…
py-pythonqwt
…
py-pytz
…
py-pyutilib
…
py-pyvcf
…
py-pywavelets
…
py-pyyaml
…
py-qtawesome
…
py-qtconsole
…
py-qtpy
…
py-quantities
…
py-quast
…
py-radical-utils
…
py-ranger
…
py-rasterio
…
py-readme-renderer
…
py-regex
…
py-reportlab
…
py-requests
…
py-requests-toolbelt
py-mg-rast-tools: Create new package and its dependencies. (#7816)
2018-04-21 10:28:44 -05:00
py-restview
…
py-rope
…
py-rpy2
…
py-rsa
…
py-rseqc
…
py-rtree
…
py-saga-python
…
py-scandir
…
py-scientificpython
…
py-scikit-image
…
py-scikit-learn
…
py-scipy
py-numpy: update (#8003)
2018-05-03 22:53:41 -05:00
py-seaborn
…
py-setuptools
…
py-setuptools-git
…
py-setuptools-scm
…
py-sfepy
…
py-sh
…
py-shiboken
…
py-simplegeneric
…
py-simplejson
…
py-singledispatch
…
py-sip
…
py-six
…
py-slepc4py
…
py-slurm-pipeline
…
py-sncosmo
…
py-snowballstemmer
…
py-snuggs
…
py-spectra
…
py-spefile
…
py-spglib
…
py-sphinx
sphinx: Updated to v1.7.4 (#7977)
2018-05-02 14:23:02 -05:00
py-sphinx-bootstrap-theme
…
py-sphinx-rtd-theme
…
py-sphinxcontrib-bibtex
…
py-sphinxcontrib-programoutput
…
py-sphinxcontrib-websupport
…
py-spyder
…
py-spykeutils
…
py-sqlalchemy
…
py-statsmodels
…
py-stevedore
…
py-storm
…
py-subprocess32
…
py-symengine
…
py-symfit
…
py-sympy
…
py-tabulate
…
py-tappy
…
py-terminado
…
py-testinfra
py-testinfra: Create new package (#7883)
2018-04-25 10:29:45 -05:00
py-tetoolkit
…
py-theano
…
py-tifffile
…
py-toml
…
py-tomopy
…
py-tornado
…
py-tqdm
…
py-traceback2
…
py-traitlets
…
py-tuiview
…
py-twisted
…
py-typing
…
py-tzlocal
…
py-udunits
py-udunits: New package (#7998)
2018-05-05 17:33:44 -05:00
py-umi-tools
…
py-unittest2
…
py-unittest2py3k
…
py-urllib3
…
py-urwid
…
py-vcversioner
…
py-virtualenv
…
py-virtualenv-clone
…
py-virtualenvwrapper
…
py-vmd-python
…
py-vsc-base
…
py-vsc-install
…
py-wcsaxes
…
py-wcwidth
…
py-webkit-server
…
py-weblogo
new package: py-weblogo (#7886)
2018-04-24 19:31:37 -07:00
py-werkzeug
…
py-wheel
…
py-widgetsnbextension
…
py-wrapt
…
py-xarray
…
py-xattr
…
py-xlrd
…
py-xlsxwriter
…
py-xmlrunner
…
py-xopen
…
py-xpyb
…
py-xvfbwrapper
…
py-yamlreader
py-yamlreader: new package (#7997)
2018-05-03 16:58:40 -05:00
py-yapf
…
py-yt
…
py-zmq
…
python
make symlinking python3->python optional (#7960)
2018-05-02 12:26:30 -07:00
qbank
…
qbox
…
qhull
…
qmcpack
…
qmd-progress
…
qrupdate
…
qt
…
qt-creator
…
qtgraph
…
qthreads
…
quinoa
…
qwt
…
r
add versions 3.4.3. and 3.5.0 (#7929)
2018-04-26 21:12:17 -05:00
r-a4
…
r-a4base
…
r-a4classif
…
r-a4core
…
r-a4preproc
…
r-a4reporting
…
r-abadata
…
r-abaenrichment
…
r-abind
…
r-absseq
…
r-acde
…
r-acepack
…
r-acgh
…
r-acme
…
r-ada
…
r-adabag
…
r-ade4
…
r-adegenet
…
r-adsplit
…
r-affxparser
…
r-affy
…
r-affycomp
…
r-affycompatible
…
r-affycontam
…
r-affycoretools
…
r-affydata
…
r-affyexpress
…
r-affyilm
…
r-affyio
…
r-affypdnn
…
r-affyplm
…
r-affyqcreport
…
r-affyrnadegradation
…
r-agdex
…
r-agilp
…
r-agimicrorna
…
r-aims
…
r-aldex2
…
r-allelicimbalance
…
r-alpine
…
r-als
…
r-alsace
…
r-altcdfenvs
…
r-ampliqueso
…
r-analysispageserver
…
r-anaquin
…
r-aneufinder
…
r-aneufinderdata
…
r-annaffy
…
r-annotate
…
r-annotationdbi
…
r-annotationfilter
…
r-annotationforge
…
r-annotationhub
…
r-ape
…
r-assertthat
…
r-backports
…
r-bamsignals
…
r-base64
…
r-base64enc
…
r-bbmisc
Additional r packages (#7892)
2018-04-25 20:59:46 -05:00
r-beanplot
…
r-bh
…
r-bindr
…
r-bindrcpp
…
r-biobase
…
r-biocgenerics
…
r-biocinstaller
…
r-biocparallel
…
r-biocstyle
…
r-biom-utils
py-mg-rast-tools: Create new package and its dependencies. (#7816)
2018-04-21 10:28:44 -05:00
r-biomart
r-biomart: package update (#7787)
2018-04-17 12:55:36 -05:00
r-biomformat
…
r-biostrings
…
r-biovizbase
…
r-bit
…
r-bit64
…
r-bitops
…
r-blob
…
r-bookdown
…
r-boot
…
r-brew
…
r-broom
…
r-bsgenome
r-bsgenome: package update (#7792)
2018-04-17 12:54:04 -05:00
r-bumphunter
…
r-c50
…
r-callr
…
r-car
…
r-caret
…
r-category
…
r-catools
…
r-cdcfluview
r-cdcfluview: new package (#8089)
2018-05-12 18:28:18 -05:00
r-cellranger
…
r-checkmate
…
r-checkpoint
…
r-chemometrics
…
r-chron
…
r-circlize
…
r-class
…
r-classint
…
r-cli
…
r-clipr
…
r-cluster
…
r-clusterprofiler
…
r-cner
…
r-coda
…
r-codetools
…
r-coin
…
r-colorspace
…
r-complexheatmap
…
r-corpcor
…
r-corrplot
…
r-covr
…
r-cowplot
…
r-crayon
…
r-crosstalk
…
r-cubature
…
r-cubist
…
r-curl
…
r-data-table
…
r-dbi
…
r-dbplyr
…
r-delayedarray
r-delayedarray: package update (#7788)
2018-04-17 12:55:20 -05:00
r-deldir
…
r-dendextend
…
r-deoptim
…
r-deoptimr
…
r-deseq
…
r-deseq2
…
r-desolve
…
r-devtools
…
r-diagrammer
…
r-dicekriging
Additional r packages (#7892)
2018-04-25 20:59:46 -05:00
r-dichromat
…
r-diffusionmap
…
r-digest
…
r-diptest
…
r-dirichletmultinomial
…
r-dnacopy
…
r-do-db
…
r-domc
…
r-doparallel
…
r-dorng
…
r-dose
…
r-downloader
…
r-dplyr
…
r-dt
…
r-dtw
…
r-dygraphs
…
r-e1071
…
r-edger
…
r-ellipse
…
r-ensembldb
…
r-ergm
…
r-evaluate
…
r-expm
…
r-factoextra
…
r-factominer
…
r-fastmatch
…
r-ff
…
r-fftwtools
…
r-fgsea
…
r-filehash
…
r-flashclust
…
r-flexclust
…
r-flexmix
…
r-fnn
…
r-forcats
…
r-foreach
…
r-forecast
…
r-foreign
…
r-formatr
…
r-formula
…
r-fpc
…
r-fracdiff
…
r-futile-logger
…
r-futile-options
…
r-gbm
…
r-gcrma
…
r-gdata
…
r-gdsfmt
…
r-geiger
…
r-genefilter
…
r-geneplotter
…
r-genie3
r-genie3: new package (#8044)
2018-05-07 17:23:45 -05:00
r-genomeinfodb
…
r-genomeinfodbdata
…
r-genomicalignments
r-genomicalignments: package update (#7791)
2018-04-17 12:54:36 -05:00
r-genomicfeatures
…
r-genomicranges
…
r-geomorph
…
r-geoquery
…
r-geosphere
…
r-getopt
…
r-getoptlong
…
r-ggally
…
r-ggbio
…
r-ggdendro
…
r-ggjoy
…
r-ggmap
…
r-ggplot2
…
r-ggpubr
…
r-ggrepel
…
r-ggridges
…
r-ggsci
…
r-ggvis
…
r-gistr
…
r-git2r
…
r-glmnet
…
r-globaloptions
…
r-glue
…
r-gmodels
…
r-gmp
…
r-go-db
…
r-googlevis
…
r-gosemsim
…
r-gostats
…
r-gplots
…
r-graph
…
r-gridbase
…
r-gridextra
…
r-gseabase
…
r-gss
…
r-gsubfn
…
r-gtable
…
r-gtools
…
r-gtrellis
…
r-gviz
…
r-haven
…
r-hexbin
…
r-highr
…
r-hmisc
…
r-hms
…
r-htmltable
…
r-htmltools
…
r-htmlwidgets
…
r-httpuv
…
r-httr
…
r-hwriter
…
r-hypergraph
…
r-ica
…
r-igraph
…
r-illuminaio
…
r-impute
…
r-influencer
…
r-inline
…
r-interactivedisplaybase
…
r-ipred
…
r-iranges
…
r-irdisplay
…
r-irkernel
…
r-irlba
…
r-iso
…
r-iterators
…
r-janitor
…
r-jaspar2018
…
r-jpeg
…
r-jsonlite
…
r-kegg-db
…
r-kegggraph
…
r-keggrest
…
r-kernlab
…
r-kernsmooth
…
r-kknn
…
r-knitr
…
r-labeling
…
r-lambda-r
…
r-laplacesdemon
…
r-lars
…
r-lattice
…
r-latticeextra
…
r-lava
…
r-lazyeval
…
r-leaflet
…
r-leaps
…
r-learnbayes
…
r-lhs
Additional r packages (#7892)
2018-04-25 20:59:46 -05:00
r-limma
…
r-lme4
…
r-lmtest
…
r-locfit
…
r-log4r
…
r-lpsolve
…
r-lsei
…
r-lubridate
…
r-magic
…
r-magrittr
…
r-makecdfenv
…
r-maldiquant
…
r-mapproj
…
r-maps
…
r-maptools
…
r-markdown
…
r-mass
…
r-matr
py-mg-rast-tools: Create new package and its dependencies. (#7816)
2018-04-21 10:28:44 -05:00
r-matrix
…
r-matrixmodels
…
r-matrixstats
…
r-mclust
…
r-mcmcglmm
…
r-mco
Additional r packages (#7892)
2018-04-25 20:59:46 -05:00
r-mda
…
r-memoise
…
r-mergemaid
…
r-methodss3
…
r-mgcv
…
r-mgraster
py-mg-rast-tools: Create new package and its dependencies. (#7816)
2018-04-21 10:28:44 -05:00
r-mime
…
r-minfi
…
r-minqa
…
r-misc3d
Additional r packages (#7892)
2018-04-25 20:59:46 -05:00
r-mixtools
…
r-mlbench
…
r-mlinterfaces
…
r-mlr
Additional r packages (#7892)
2018-04-25 20:59:46 -05:00
r-mlrmbo
Additional r packages (#7892)
2018-04-25 20:59:46 -05:00
r-mmwrweek
r-mmwrweek: new pacakge (#8086)
2018-05-10 17:32:58 -05:00
r-mnormt
…
r-modelmetrics
…
r-modelr
…
r-modeltools
…
r-mpm
…
r-msnbase
…
r-multcomp
…
r-multtest
…
r-munsell
…
r-mvtnorm
…
r-mzid
…
r-mzr
…
r-nanotime
…
r-ncbit
…
r-ncdf4
…
r-network
…
r-networkd3
…
r-nlme
…
r-nloptr
…
r-nmf
…
r-nnet
…
r-nnls
…
r-nor1mix
…
r-np
…
r-numderiv
…
r-oligoclasses
…
r-oo
…
r-openssl
…
r-org-hs-eg-db
…
r-organismdbi
…
r-packrat
…
r-pacman
…
r-pamr
…
r-parallelmap
Additional r packages (#7892)
2018-04-25 20:59:46 -05:00
r-paramhelpers
Additional r packages (#7892)
2018-04-25 20:59:46 -05:00
r-party
…
r-partykit
…
r-pathview
…
r-pbapply
…
r-pbdzmq
…
r-pbkrtest
…
r-pcamethods
…
r-pcapp
…
r-permute
…
r-pfam-db
…
r-phangorn
…
r-phantompeakqualtools
…
r-phyloseq
…
r-picante
r-picante: Create new package (#8117)
2018-05-14 13:00:03 -05:00
r-pkgconfig
…
r-pkgmaker
…
r-plogr
…
r-plot3d
Additional r packages (#7892)
2018-04-25 20:59:46 -05:00
r-plotly
…
r-plotrix
…
r-pls
…
r-plyr
…
r-pmcmr
…
r-png
…
r-powerlaw
…
r-prabclus
…
r-praise
…
r-preprocesscore
…
r-prettyunits
…
r-prodlim
…
r-progress
…
r-protgenerics
…
r-proto
…
r-proxy
…
r-pryr
…
r-psych
…
r-ptw
…
r-purrr
…
r-quadprog
…
r-quantmod
…
r-quantreg
…
r-quantro
…
r-qvalue
…
r-r6
…
r-randomforest
…
r-ranger
…
r-rappdirs
…
r-raster
…
r-rbgl
…
r-rbokeh
…
r-rcolorbrewer
…
r-rcpp
Bump r-rcpp versions. (#8016)
2018-05-03 22:54:45 -05:00
r-rcpparmadillo
…
r-rcppblaze
…
r-rcppcctz
…
r-rcppeigen
…
r-rcppprogress
…
r-rcurl
…
r-rda
…
r-readr
…
r-readxl
…
r-registry
…
r-rematch
…
r-reordercluster
…
r-reportingtools
…
r-repr
…
r-reprex
…
r-reshape
…
r-reshape2
…
r-rex
…
r-rgdal
…
r-rgenoud
Additional r packages (#7892)
2018-04-25 20:59:46 -05:00
r-rgeos
…
r-rgl
…
r-rgooglemaps
…
r-rgraphviz
…
r-rhdf5
…
r-rhtslib
…
r-rinside
Additional r packages (#7892)
2018-04-25 20:59:46 -05:00
r-rjags
…
r-rjava
…
r-rjson
…
r-rjsonio
…
r-rlang
…
r-rmarkdown
…
r-rminer
…
r-rmpfr
…
r-rmpi
…
r-rmysql
…
r-rngtools
…
r-robustbase
…
r-rocr
…
r-rodbc
…
r-roxygen2
…
r-rpart
…
r-rpart-plot
…
r-rpostgresql
…
r-rprojroot
…
r-rsamtools
…
r-rsnns
…
r-rsolnp
…
r-rsqlite
…
r-rstan
…
r-rstudioapi
…
r-rtracklayer
…
r-rtsne
…
r-rvcheck
…
r-rvest
…
r-rzmq
…
r-s4vectors
…
r-samr
…
r-sandwich
…
r-scales
…
r-scatterplot3d
…
r-sdmtools
…
r-segmented
…
r-selectr
…
r-seqinr
…
r-seqlogo
…
r-seurat
…
r-sf
…
r-sfsmisc
…
r-shape
…
r-shiny
…
r-shortread
…
r-siggenes
…
r-simpleaffy
…
r-smoof
Additional r packages (#7892)
2018-04-25 20:59:46 -05:00
r-sn
…
r-snow
…
r-snowfall
…
r-snprelate
…
r-som
…
r-somaticsignatures
…
r-sourcetools
…
r-sp
…
r-sparsem
…
r-spdep
…
r-speedglm
…
r-spem
…
r-sqldf
…
r-squash
r-squash: Create new package (#8118)
2018-05-14 12:59:49 -05:00
r-stanheaders
…
r-statmod
…
r-statnet-common
…
r-stringi
…
r-stringr
…
r-strucchange
…
r-subplex
…
r-summarizedexperiment
r-summarizedexperiment: package update (#7790)
2018-04-17 12:54:56 -05:00
r-survey
…
r-survival
…
r-sva
…
r-tarifx
…
r-tclust
…
r-tensora
…
r-testit
…
r-testthat
…
r-tfbstools
…
r-tfmpvalue
…
r-th-data
…
r-threejs
…
r-tibble
…
r-tidycensus
…
r-tidyr
…
r-tidyselect
…
r-tidyverse
…
r-tiff
…
r-tigris
…
r-timedate
…
r-tmixclust
…
r-topgo
r-topgo: package update (#7793)
2018-04-17 12:53:37 -05:00
r-trimcluster
…
r-truncnorm
…
r-trust
…
r-tseries
…
r-tsne
…
r-ttr
…
r-udunits2
…
r-units
…
r-utils
…
r-uuid
…
r-variantannotation
…
r-varselrf
…
r-vcd
…
r-vegan
…
r-vgam
…
r-viridis
…
r-viridislite
…
r-visnetwork
…
r-vsn
…
r-whisker
…
r-withr
…
r-xde
…
r-xgboost
…
r-xlconnect
…
r-xlconnectjars
…
r-xlsx
…
r-xlsxjars
…
r-xmapbridge
…
r-xml
…
r-xml2
…
r-xtable
…
r-xts
…
r-xvector
…
r-yaml
…
r-yapsa
…
r-yaqcaffy
…
r-yarn
…
r-zlibbioc
…
r-zoo
…
racon
new package: racon (bioinformatics) (#7726)
2018-04-22 07:54:48 -05:00
raft
…
ragel
New colm, ragel packages (#7867)
2018-04-23 10:50:58 -05:00
raja
…
randfold
…
random123
…
randrproto
…
rapidjson
…
ravel
…
raxml
…
ray
…
rdma-core
rdma-core: new package (#7835)
2018-04-25 10:33:30 -05:00
rdp-classifier
…
re2c
…
readfq
…
readline
…
recordproto
…
redundans
…
relion
…
rempi
…
rename
…
rendercheck
…
renderproto
…
repeatmasker
…
resourceproto
…
revbayes
…
rgb
…
rhash
…
rlwrap
…
rmlab
…
rna-seqc
…
rockstar
…
root
…
rose
…
rr
…
rsbench
…
rsem
…
rstart
…
rsync
…
rtags
…
rtax
…
ruby
…
ruby-gnuplot
…
ruby-narray
…
ruby-ronn
…
ruby-rubyinline
…
ruby-svn2git
New Package: ruby-svn2git (#7979)
2018-05-03 10:12:57 -05:00
ruby-terminal-table
…
rust
…
rust-bindgen
…
sabre
…
sailfish
…
salmon
…
sambamba
…
samblaster
…
samrai
…
samtools
Bump samtools, hstlib and bcftools to version 1.8. (#8020)
2018-05-04 16:27:54 -05:00
sandbox
…
sas
…
satsuma2
…
savanna
…
saws
…
sbt
…
scala
Added the latest versions of a few packages (#7910)
2018-04-26 14:46:45 +02:00
scalasca
…
scalpel
…
scan-for-matches
…
scons
…
scorec-core
…
scorep
…
scotch
…
scr
…
screen
…
scripts
…
scrnsaverproto
…
sctk
…
sdl2
…
sdl2-image
…
sed
…
seqan
…
seqprep
…
seqtk
…
serf
…
sessreg
…
setxkbmap
…
sga
…
shapeit
…
shared-mime-info
added shared-mime-info version 1.9 (#8063)
2018-05-08 17:52:02 -05:00
shiny-server
…
shocklibs
py-mg-rast-tools: Create new package and its dependencies. (#7816)
2018-04-21 10:28:44 -05:00
shoremap
shoremap: new package (#7343)
2018-05-12 08:22:45 +02:00
shortbred
…
shortstack
…
showfont
…
sickle
…
siesta
…
signalp
…
signify
…
silo
…
simplemoc
…
simul
…
simulationio
…
singularity
…
slepc
petsc and slepc: add 3.9.0; hypre: add 2.14 (needed by petsc) (#7877)
2018-04-24 07:10:46 -05:00
slurm
…
smalt
…
smproxy
…
snakemake
…
snap
…
snap-berkeley
…
snap-korf
…
snappy
…
snbone
…
sniffles
…
snpeff
…
snphylo
…
snptest
…
soap2
…
soapdenovo2
…
soapdenovo-trans
…
soapindel
…
soapsnp
…
sofa-c
…
somatic-sniper
…
sortmerna
…
sosflow
…
sowing
…
sox
…
spades
…
spark
Added the latest versions of a few packages (#7910)
2018-04-26 14:46:45 +02:00
sparsehash
…
sparta
…
spdlog
…
spectrum-mpi
Fix Spectrum MPI package spec file for PGI compilers (#7964)
2018-05-02 08:12:08 -05:00
speex
…
spglib
…
sph2pipe
…
spherepack
…
spindle
…
spot
…
sqlite
…
squid
…
sra-toolkit
…
sspace-longread
…
sspace-standard
…
sst-dumpi
…
sst-macro
…
stacks
…
staden-io-lib
…
star
…
star-ccm-plus
…
startup-notification
…
stat
added stat version 4.0.0 (#8062)
2018-05-08 17:52:38 -05:00
stc
…
stow
…
strace
…
stream
…
strelka
…
stress
…
stringtie
…
structure
…
sublime-text
…
subread
…
subversion
…
suite-sparse
Suite-sparse: provide patch to fix builts with clang@6.0.0. (#7811)
2018-04-19 08:59:55 -05:00
sumaclust
…
sundials
Add new Sundials versions (#8075)
2018-05-09 20:53:25 -05:00
superlu
…
superlu-dist
…
superlu-mt
…
supernova
…
sw4lite
…
swarm
…
swfft
Use GitLab's API endpoint for fetching a git snapshot. (#7881)
2018-04-26 16:40:11 -05:00
swiftsim
adds new version to swiftsim (#8093)
2018-05-11 10:32:30 -05:00
swig
…
symengine
…
sympol
…
sz
ADIOS 1.13.1 & SZ 1.4.12.3 (#7808)
2018-04-18 10:52:13 -05:00
tabix
…
talloc
…
tantan
…
tar
Added the latest versions of a few packages (#7910)
2018-04-26 14:46:45 +02:00
targetp
…
task
…
taskd
…
tasmanian
…
tassel
…
tau
…
tcl
…
tcl-tcllib
…
tcl-tclxml
…
tclap
…
tcoffee
…
tcptrace
…
tcsh
…
tealeaf
…
tetgen
…
tethex
…
texinfo
…
texlive
Create custom PATH that texlive requires in its module. (#8064)
2018-05-12 18:40:36 -05:00
the-platinum-searcher
…
the-silver-searcher
…
thrift
…
thrust
…
tig
…
tinyxml
Build shared libs for tinyxml. (#7914)
2018-04-30 10:03:24 -05:00
tinyxml2
…
tioga
…
tk
…
tmalign
…
tmhmm
…
tmux
Added the latest versions of a few packages (#7910)
2018-04-26 14:46:45 +02:00
tmuxinator
…
tophat
…
tppred
…
transabyss
…
transdecoder
…
transposome
…
transset
…
trapproto
…
tree
…
trf
…
triangle
…
trilinos
trilinos: minor cleanup (#7987)
2018-05-07 06:45:49 -05:00
trimgalore
…
trimmomatic
…
trinity
Add Trinity package (#7828)
2018-04-26 09:11:58 -05:00
trnascan-se
…
turbine
…
turbomole
…
tut
…
twm
…
tycho2
…
typhon
Added BookLeaf_Cpp and Typhon packages. (#7969)
2018-05-02 10:45:30 -05:00
typhonio
…
uberftp
…
ucx
ucx: needs numactl and rdma-core (#7836)
2018-04-25 10:34:55 -05:00
udunits2
…
ufo-core
…
ufo-filters
…
unblur
…
uncrustify
…
unibilium
…
unison
…
units
…
unixodbc
…
unzip
…
usearch
…
util-linux
…
util-macros
…
uuid
…
valgrind
…
vampirtrace
…
vardictjava
…
varscan
…
vc
…
vcftools
…
vcsh
…
vdt
…
vecgeom
Use GitLab's API endpoint for fetching a git snapshot. (#7881)
2018-04-26 16:40:11 -05:00
veclibfort
…
vegas2
…
velvet
…
verilator
…
videoproto
…
viennarna
…
viewres
…
vim
…
virtualgl
…
visit
…
vizglow
…
vmatch
…
voropp
…
votca-csg
…
votca-ctp
…
votca-tools
…
votca-xtp
…
vpfft
…
vpic
…
vsearch
…
vt
vt: Create new package (#7947)
2018-04-30 12:11:06 -05:00
vtk
…
vtkh
…
vtkm
Use GitLab's API endpoint for fetching a git snapshot. (#7881)
2018-04-26 16:40:11 -05:00
wannier90
…
wcslib
…
wget
…
wgsim
…
windowswmproto
…
wireshark
wireshark: stop cmake from picking up /usr paths (#8053)
2018-05-10 06:58:43 -05:00
wt
…
wx
…
wxpropgrid
…
x11perf
…
xapian-core
…
xauth
…
xbacklight
…
xbiff
…
xbitmaps
…
xbraid
…
xcalc
…
xcb-demo
…
xcb-proto
…
xcb-util
…
xcb-util-cursor
…
xcb-util-errors
…
xcb-util-image
…
xcb-util-keysyms
…
xcb-util-renderutil
…
xcb-util-wm
…
xcb-util-xrm
…
xclip
…
xclipboard
…
xclock
…
xcmiscproto
…
xcmsdb
…
xcompmgr
…
xconsole
…
xcursor-themes
…
xcursorgen
…
xdbedizzy
…
xditview
…
xdm
…
xdpyinfo
…
xdriinfo
…
xedit
…
xerces-c
…
xev
…
xextproto
…
xeyes
…
xf86bigfontproto
…
xf86dga
…
xf86dgaproto
…
xf86driproto
…
xf86miscproto
…
xf86rushproto
…
xf86vidmodeproto
…
xfd
…
xfindproxy
…
xfontsel
…
xfs
…
xfsinfo
…
xfwp
…
xgamma
…
xgc
…
xhost
…
xineramaproto
…
xinit
…
xinput
…
xios
…
xkbcomp
…
xkbdata
…
xkbevd
…
xkbprint
…
xkbutils
…
xkeyboard-config
…
xkill
…
xload
…
xlogo
…
xlsatoms
…
xlsclients
…
xlsfonts
…
xmag
…
xman
…
xmessage
…
xmh
…
xmlf90
…
xmlto
…
xmodmap
…
xmore
…
xorg-cf-files
…
xorg-docs
…
xorg-gtest
…
xorg-server
…
xorg-sgml-doctools
…
xphelloworld
…
xplor-nih
…
xplsprinters
…
xpr
…
xprehashprinterlist
…
xprop
…
xproto
…
xproxymanagementprotocol
…
xqilla
…
xrandr
xrandr: needs randrproto (#7814)
2018-04-18 14:02:04 -05:00
xrdb
…
xrefresh
…
xrootd
Update with recent versions through 4.8.3 and add variants. (#7933)
2018-04-27 10:11:33 -05:00
xrx
…
xsbench
…
xscope
…
xsdk
…
xsdktrilinos
…
xset
…
xsetmode
…
xsetpointer
…
xsetroot
…
xsimd
…
xsm
…
xstdcmap
…
xtensor
…
xtensor-python
…
xterm
…
xtl
…
xtrans
…
xtrap
…
xts
…
xvidtune
…
xvinfo
…
xwd
…
xwininfo
…
xwud
…
xz
…
yajl
…
yambo
…
yaml-cpp
add version 0.6.2 to yaml-cpp (#7931)
2018-05-14 10:44:27 +02:00
yasm
…
yorick
…
z3
…
zeromq
…
zfp
…
zip
…
zlib
…
zoltan
…
zsh
…
zstd
…