zhangyiss/spack
1
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Actions Packages Projects Releases Wiki Activity
Files
420048350fddfd32f7e1577b8e4b6c7fe3e9ea0a
spack/var/spack/repos/builtin/packages
History
lingnanyuan 420048350f bioconductor update (#5786) 
* r-a4: Add r dependency and update url.

* r-a4base: Add r dependency and update url.

* r-a4classif: update url and add r dependency.

* r-a4core: Update url and add r dependency.

* r-a4preproc: Update url and add r dependency.

* r-a4reporting: Update url and add r dependency.

* r-abaenrichment: Update url and add r dependency.

* r-absseq: Update url and add r dependency.

* r-acgh: Update url and add r dependency.

* r-acme: Update url and add r dependency.

* r-adsplit: Update url and add r dependency.

* r-affxparser: Update url and add r dependency.

* r-affycomp: Update url and add r dependency.

* r-affycompatible: Update url and add r dependency.

* r-affycontam: Update url and add r dependency.

* r-annaffy: Update url and add r dependency.

* r-annotate: Update url and add r dependency.

* r-annotate: Update url and add r dependency.

* r-annotationdbi: Update url and add r dependency.

* r-genefilter: Update url and add r dependency.

* r-mlinterfaces: Update url and add r dependency.

* r-limma: Update url and add r dependency.

* r-multtest: Update url and add r dependency.

* r-a4classif: Correct format.

* r-affycomp: Correct error.
2017-10-24 11:19:19 +02:00
..
abinit
…
abyss
…
ack
Ack: add version 2.18 (#5445)
2017-09-22 19:30:12 -07:00
activeharmony
…
adept-utils
…
adios
…
adios2
…
adlbx
…
adol-c
…
albert
…
alglib
…
allinea-forge
…
allinea-reports
…
allpaths-lg
…
alquimia
…
alsa-lib
…
amg2013
add newlines at end of some package files
2017-10-24 10:05:36 +02:00
ampliconnoise
…
amr-exp-parabolic
…
amrex
fixing tag name for development branch (#5496)
2017-09-28 18:12:02 -07:00
andi
…
angsd
…
ant
…
antlr
…
ape
…
apex
…
applewmproto
…
appres
…
apr
…
apr-util
…
archer
…
argtable
…
armadillo
armadillo: use libs to provide arpack and superlu libraries (#5777)
2017-10-16 12:57:01 +02:00
arpack-ng
…
asciidoc
…
aspa
add newlines at end of some package files
2017-10-24 10:05:36 +02:00
aspell
Add package for aspell and ass't dictionaries (#3890)
2017-10-09 14:14:19 -07:00
aspell6-de
Add package for aspell and ass't dictionaries (#3890)
2017-10-09 14:14:19 -07:00
aspell6-en
Add package for aspell and ass't dictionaries (#3890)
2017-10-09 14:14:19 -07:00
aspell6-es
Add package for aspell and ass't dictionaries (#3890)
2017-10-09 14:14:19 -07:00
assimp
add assimp package. link against it in dealii (#5463)
2017-09-25 06:58:13 -06:00
astra
…
astral
…
astyle
astyle: homepage dead, use mirror (#5483)
2017-09-26 13:03:34 -06:00
atk
…
atlas
remove wildcards from make spack core and packages
2017-10-24 10:05:36 +02:00
atompaw
…
atop
…
augustus
…
autoconf
autoconf, automake: Add missing perl dependency (#5187)
2017-09-26 08:10:22 -06:00
autodock-vina
Autodock vina: spec (#5333)
2017-09-26 14:44:21 -06:00
autogen
…
automaded
…
automake
autoconf, automake: Add missing perl dependency (#5187)
2017-09-26 08:10:22 -06:00
bamtools
…
bamutil
…
bash
…
bash-completion
…
bats
…
bazel
…
bbcp
…
bbmap
…
bcftools
samtools: add version 1.6 + some fixes (#5715)
2017-10-12 10:08:31 -06:00
bcl2fastq2
bcl2fastq needs with working_dir: after changes in #5776 (#5803)
2017-10-19 08:59:25 +02:00
bdftopcf
…
bdw-gc
…
bear
…
beast2
…
bedtools2
…
beforelight
…
benchmark
…
berkeley-db
…
bertini
…
bib2xhtml
…
bigreqsproto
…
binutils
…
bioawk
…
bison
various fixes for macOS high sierra (#5647)
2017-10-12 11:41:57 -07:00
bitmap
…
blast-plus
…
blat
…
blaze
…
bliss
…
blitz
…
bml
Added support for BML+mpi variant (#5563)
2017-10-02 12:51:06 -06:00
boost
Add a new +clanglibcpp option for Boost (#5708)
2017-10-17 01:40:09 -07:00
boostmplcartesianproduct
…
bowtie
…
bowtie2
…
boxlib
…
bpp-core
…
bpp-phyl
…
bpp-seq
…
bpp-suite
…
braker
…
branson
Added spackage for branson (#5520)
2017-09-27 21:50:07 -06:00
brigand
…
bsseeker2
…
bucky
…
busco
…
butter
…
bwa
…
bzip2
…
c-blosc
…
caffe
…
cairo
…
caliper
…
callpath
…
cantera
…
canu
…
cap3
…
cares
…
cask
…
catch
…
cbench
…
cblas
…
cbtf
…
cbtf-argonavis
…
cbtf-argonavis-gui
…
cbtf-krell
Add ability to build llvm-openmp-ompt alone, with gnu compilers and use the resulting ompt interface in cbtf-krell and openspeedshop to gather openmp specific performance information. (#5288)
2017-09-26 14:15:37 -06:00
cbtf-lanl
…
ccache
…
cctools
…
cdbfasta
…
cdd
…
cddlib
…
cdhit
…
cdo
…
cereal
fix install method of cereal (#5094)
2017-09-21 07:10:51 -06:00
cfitsio
…
cgal
…
cgm
…
cgns
Update recipe for cgns to avoid build warnings/errors: (#5382)
2017-09-20 18:21:14 -06:00
charm
Fix bare 'except:' to placate errors in new flake8 version.
2017-10-24 10:05:36 +02:00
check
…
chlorop
…
chombo
…
cityhash
…
clamr
…
cleaveland4
…
cleverleaf
…
clfft
…
clhep
…
cloc
Provide a new Perl package 'cloc'. (#5525)
2017-09-28 11:30:08 -06:00
cloog
…
cloverleaf
…
cloverleaf3d
…
clustalo
…
clustalw
…
cmake
CMake: 3.9.4 (#5614)
2017-10-05 08:57:20 -06:00
cmocka
…
cmor
…
cnmem
…
cnpy
…
cns-nospec
…
cntk
…
cntk1bitsgd
…
codar-cheetah
…
coevp
Added CoEVP Spackage (#5485)
2017-09-27 21:41:34 -06:00
cohmm
add newlines at end of some package files
2017-10-24 10:05:36 +02:00
coinhsl
…
comd
CoMD Proxy App with Serial, MPI, OpenMP Support (#4864)
2017-10-17 19:59:57 -06:00
compiz
…
compositeproto
…
conduit
update for conduit 0.3.0 release (#5421)
2017-09-25 12:25:40 -06:00
constype
…
converge
…
coreutils
…
corset
…
cosmomc
…
cosp2
add newlines at end of some package files
2017-10-24 10:05:36 +02:00
cp2k
…
cppad
…
cppcheck
…
cpprestsdk
…
cppunit
…
cppzmq
…
cram
…
cryptopp
…
cscope
…
csdp
…
cub
…
cube
…
cuda
CUDA 9.0.176 (#5562)
2017-10-02 10:47:32 -06:00
cuda-memtest
…
cudnn
…
cufflinks
…
cups
…
curl
adding http2 support (#5628)
2017-10-07 09:58:56 -06:00
cvs
…
czmq
…
dakota
…
daligner
…
damageproto
…
damselfly
…
darshan-runtime
…
darshan-util
…
dash
…
datamash
…
dataspaces
…
dbus
…
dealii
dealii: blacklist boost 1.64 and 1.65 (#5805)
2017-10-18 15:58:05 -06:00
dejagnu
…
dia
…
dialign-tx
…
direnv
…
discovar
…
dlpack
Add a package: dmlc/mxnet. (#3579)
2017-10-10 13:56:26 -07:00
dmlc-core
Add a package: dmlc/mxnet. (#3579)
2017-10-10 13:56:26 -07:00
dmxproto
…
docbook-xml
…
docbook-xsl
…
dos2unix
…
double-conversion
…
doxygen
…
dri2proto
…
dri3proto
…
dtcmp
…
dyninst
…
ea-utils
…
easybuild
…
ebms
…
eccodes
…
ecp-proxy-apps
Add a bundle package for the ECP proxy applications suite (#5689)
2017-10-11 13:39:30 -06:00
editres
…
eigen
…
elemental
blas_lapack: add multithreading variant consistent in all implementations. (#5340)
2017-09-23 13:27:42 -07:00
elfutils
…
elk
…
elpa
…
emacs
emacs: add version 25.3 (security update) (#5447)
2017-09-22 16:34:59 -07:00
emboss
…
encodings
…
environment-modules
…
es
…
esmf
esmf: Fix build (#5607)
2017-10-05 08:58:40 -06:00
espresso
qmcpack: new package (#4907)
2017-10-06 13:51:18 -07:00
etsf-io
…
everytrace
…
everytrace-example
…
evieext
…
exabayes
…
exampm
ExaMPM (#5509)
2017-09-27 21:46:32 -06:00
exasp2
ExaSP2 Spackage (#5570)
2017-10-03 16:04:49 -06:00
exmcutils
…
exodusii
…
exonerate
…
expat
…
expect
…
extrae
…
exuberant-ctags
…
f90cache
…
falcon
…
farmhash
…
fastjar
…
fastmath
…
fastphase
…
fastq-screen
fastq-screen: new package (#5431)
2017-09-28 12:48:31 -06:00
fastqc
…
fastqvalidator
switching downloads to git (#5659)
2017-10-09 17:07:13 -06:00
fastx-toolkit
…
fenics
…
ferret
…
ffmpeg
…
fftw
…
fimpute
…
findutils
…
fio
…
fish
…
fixesproto
…
flac
…
flang
flang: clean up (#5766)
2017-10-17 01:38:41 -07:00
flann
flann: fix build for 1.8.1 (#5508)
2017-09-27 14:39:33 -07:00
flash
…
flecsale
…
flecsi
…
flex
…
flint
…
fltk
…
flux
…
fmt
…
foam-extend
remove wildcards from make spack core and packages
2017-10-24 10:05:36 +02:00
folly
…
font-adobe-75dpi
…
font-adobe-100dpi
…
font-adobe-utopia-75dpi
…
font-adobe-utopia-100dpi
…
font-adobe-utopia-type1
…
font-alias
…
font-arabic-misc
…
font-bh-75dpi
…
font-bh-100dpi
…
font-bh-lucidatypewriter-75dpi
…
font-bh-lucidatypewriter-100dpi
…
font-bh-ttf
…
font-bh-type1
…
font-bitstream-75dpi
…
font-bitstream-100dpi
…
font-bitstream-speedo
…
font-bitstream-type1
…
font-cronyx-cyrillic
…
font-cursor-misc
…
font-daewoo-misc
…
font-dec-misc
…
font-ibm-type1
…
font-isas-misc
…
font-jis-misc
…
font-micro-misc
…
font-misc-cyrillic
…
font-misc-ethiopic
…
font-misc-meltho
…
font-misc-misc
…
font-mutt-misc
…
font-schumacher-misc
…
font-screen-cyrillic
…
font-sony-misc
…
font-sun-misc
…
font-util
…
font-winitzki-cyrillic
…
font-xfree86-type1
…
fontcacheproto
…
fontconfig
…
fontsproto
…
fonttosfnt
…
freebayes
…
freetype
…
fseq
…
fsl
fsl: new package (#5605)
2017-10-05 11:57:57 -07:00
fslsfonts
…
fstobdf
…
funhpc
…
gapcloser
…
gapfiller
…
gasnet
…
gaussian
…
gawk
…
gblocks
…
gcc
various fixes for macOS high sierra (#5647)
2017-10-12 11:41:57 -07:00
gccmakedep
…
gccxml
…
gconf
…
gdal
…
gdb
…
gdbm
…
gdk-pixbuf
…
geant4
…
gearshifft
…
gemmlowp
…
genemark-et
…
genometools
…
geos
…
gettext
gettext: fix prefix (#5749)
2017-10-13 10:52:55 +02:00
gflags
…
ghostscript
…
ghostscript-fonts
…
giflib
…
git
git + luafilesystem: minor fixes (#5635)
2017-10-06 13:56:14 -06:00
git-lfs
git-lfs: add 2.2.1 and 2.3.0 (#5429)
2017-09-22 16:36:57 -07:00
gl2ps
…
glew
…
glib
Missing perl dependencies (#5204)
2017-09-26 07:27:28 -06:00
glm
…
global
…
globalarrays
…
globus-toolkit
…
glog
…
glpk
…
glproto
…
gmake
…
gmap-gsnap
…
gmime
…
gmp
…
gmsh
…
gnat
…
gnu-prolog
…
gnupg
…
gnuplot
…
gnutls
…
go
go: Update to 1.9.1 (#5868)
2017-10-24 11:02:33 +02:00
go-bootstrap
…
gobject-introspection
…
googletest
…
gource
…
gperf
…
gperftools
…
grackle
…
gradle
…
grandr
…
graphlib
…
graphmap
…
graphviz
…
grib-api
…
groff
…
gromacs
…
gsl
gsl: add 2.4 (#5768)
2017-10-14 16:39:43 -06:00
gtkorvo-atl
…
gtkorvo-cercs-env
…
gtkorvo-dill
…
gtkorvo-enet
…
gtkplus
…
gts
…
guile
…
h5hut
…
h5part
…
h5utils
…
h5z-zfp
…
hacckernels
Added hacckernels package (#5533)
2017-09-28 12:46:26 -06:00
hadoop
…
hapcut2
…
haploview
…
harfbuzz
…
harminv
…
hdf
…
hdf5
Update for 'hdf5'. (#5790)
2017-10-24 11:09:08 +02:00
hdf5-blosc
Fix bare 'except:' to placate errors in new flake8 version.
2017-10-24 10:05:36 +02:00
help2man
…
hepmc
…
heppdt
…
highfive
…
highwayhash
…
hisat2
hisat2: new package (#5488)
2017-10-02 10:27:06 -07:00
hmmer
…
hoomd-blue
…
hpccg
…
hpctoolkit
…
hpctoolkit-externals
…
hpgmg
new package: hpgmg (#4888)
2017-10-20 17:34:55 -07:00
hpl
…
hpx
…
hpx5
…
hsakmt
…
hstr
…
htop
…
htslib
samtools: add version 1.6 + some fixes (#5715)
2017-10-12 10:08:31 -06:00
httpie
Add info for httpie@0.9.9 (#5451)
2017-09-23 00:40:22 +00:00
hub
…
hunspell
…
hwloc
…
hybpiper
…
hydra
…
hypre
hypre: add 2.12.1 (#5653)
2017-10-08 07:27:25 -06:00
ibmisc
…
iceauth
…
icedtea
…
icet
…
ico
…
icu4c
…
id3lib
…
idba
…
igraph
…
ilmbase
…
image-magick
…
imake
…
impute2
…
infernal
…
inputproto
…
intel
…
intel-daal
…
intel-gpu-tools
…
intel-ipp
…
intel-mkl
qmcpack: new package (#4907)
2017-10-06 13:51:18 -07:00
intel-mpi
…
intel-parallel-studio
blas_lapack: add multithreading variant consistent in all implementations. (#5340)
2017-09-23 13:27:42 -07:00
intel-tbb
intel-tbb: add 2018.1 (#5769)
2017-10-14 16:40:23 -06:00
intltool
…
ior
…
iozone
…
ipopt
…
isaac
…
isaac-server
…
isl
…
itstool
…
itsx
…
jags
…
jansson
jansson: enable shared library (#5857)
2017-10-23 13:32:51 +02:00
jasper
…
jdk
…
jemalloc
…
jmol
…
jq
…
json-c
…
jsoncpp
…
judy
…
julia
…
kahip
…
kaks-calculator
kaks-calculator: new package (#5725)
2017-10-12 12:47:11 -06:00
kaldi
…
kallisto
…
kbproto
…
kdiff3
…
kealib
…
kentutils
…
kmergenie
…
kokkos
…
krims
Add krims and lazyten (#5771)
2017-10-15 11:45:11 -06:00
kripke
…
lammps
lammps: add user-omp package (#5486)
2017-09-27 12:46:58 -07:00
last
…
latte
latte: add v1.0.1 (#5403)
2017-09-20 19:02:45 -07:00
launchmon
…
lazyten
Add krims and lazyten (#5771)
2017-10-15 11:45:11 -06:00
lbann
Lbann flags (#5747)
2017-10-12 20:23:38 -06:00
lbxproxy
…
lcals
…
lcms
…
ldc
…
ldc-bootstrap
…
legion
…
leveldb
…
lftp
Add info for lftp@4.8.1 (#5452)
2017-09-23 00:39:49 +00:00
libaec
…
libaio
…
libapplewm
…
libarchive
…
libassuan
…
libatomic-ops
…
libbeagle
…
libbsd
…
libbson
libbson, libmongoc: Update to 1.8.0 (#5478)
2017-09-27 10:19:10 -06:00
libcanberra
…
libcap
…
libcerf
…
libcircle
…
libconfig
…
libctl
…
libdivsufsort
…
libdmx
…
libdrm
…
libdwarf
…
libedit
…
libelf
…
libemos
…
libepoxy
…
libevent
…
libevpath
…
libfabric
…
libffi
…
libffs
…
libfontenc
…
libfs
…
libgcrypt
…
libgd
…
libgit2
…
libgpg-error
…
libgpuarray
…
libgtextutils
…
libharu
…
libhio
…
libice
…
libiconv
…
libint
…
libjpeg
…
libjpeg-turbo
…
libksba
…
liblbxutil
…
libmatheval
…
libmesh
…
libmng
…
libmongoc
libbson, libmongoc: Update to 1.8.0 (#5478)
2017-09-27 10:19:10 -06:00
libmonitor
…
libnbc
…
libogg
…
liboldx
…
libpcap
Initial version of libpcap (#5710)
2017-10-12 07:00:21 -06:00
libpciaccess
…
libpfm4
…
libpipeline
…
libpng
libpng: zlib flags more elegant (#5656)
2017-10-09 21:46:10 +02:00
libpsl
Add test deptype (#5132)
2017-09-29 22:08:15 -07:00
libpthread-stubs
…
libquo
liquo: added 1.3 and develop (#5781)
2017-10-17 01:36:54 -07:00
libsigsegv
…
libsm
…
libsodium
…
libspatialindex
…
libsplash
…
libssh2
…
libsvm
…
libszip
…
libtermkey
…
libtiff
…
libtool
…
libunistring
…
libunwind
…
libuuid
…
libuv
…
libvorbis
…
libvterm
…
libwebsockets
…
libwindowswm
…
libx11
Add link dependency on xproto to xau (recent dependency mechanics changes?) (#5624)
2017-10-05 16:53:12 -06:00
libxau
Add link dependency on xproto to xau (recent dependency mechanics changes?) (#5624)
2017-10-05 16:53:12 -06:00
libxaw
…
libxaw3d
…
libxc
…
libxcb
…
libxcomposite
…
libxcursor
…
libxdamage
…
libxdmcp
…
libxevie
…
libxext
…
libxfixes
…
libxfont
…
libxfont2
…
libxfontcache
…
libxft
…
libxi
…
libxinerama
…
libxkbfile
…
libxkbui
…
libxml2
libxml2: use spack's xz (#5816)
2017-10-19 08:32:37 +02:00
libxmu
…
libxp
…
libxpm
…
libxpresent
…
libxprintapputil
…
libxprintutil
…
libxrandr
…
libxrender
Add link dependency on xproto to xau (recent dependency mechanics changes?) (#5624)
2017-10-05 16:53:12 -06:00
libxres
…
libxscrnsaver
…
libxshmfence
…
libxslt
…
libxsmm
…
libxstream
…
libxt
…
libxtrap
…
libxtst
…
libxv
…
libxvmc
…
libxxf86dga
…
libxxf86misc
…
libxxf86vm
…
libyogrt
…
libzip
…
likwid
likwid: update versions (#5757)
2017-10-13 16:08:49 -06:00
linkphase3
linkphase3: new package (#5493)
2017-10-02 12:36:39 -06:00
linux-headers
…
listres
…
llvm
Update llvm to version 5.0.0 (#5773)
2017-10-15 13:04:40 -06:00
llvm-lld
…
llvm-openmp-ompt
Add ability to build llvm-openmp-ompt alone, with gnu compilers and use the resulting ompt interface in cbtf-krell and openspeedshop to gather openmp specific performance information. (#5288)
2017-09-26 14:15:37 -06:00
lmdb
…
lmod
Add info for lmod@7.7 and lmod@7.6.14 (#5450)
2017-09-25 07:31:43 -06:00
lndir
…
log4cxx
…
lrslib
…
lrzip
…
lua
…
lua-bitlib
…
lua-jit
…
lua-lpeg
…
lua-luafilesystem
git + luafilesystem: minor fixes (#5635)
2017-10-06 13:56:14 -06:00
lua-luaposix
…
lua-mpack
…
luit
…
lulesh
add newlines at end of some package files
2017-10-24 10:05:36 +02:00
lwgrp
…
lwm2
…
lz4
…
lzma
…
lzo
…
m4
Revert "Use cflags instead of the args variable (#5756)" (#5765)
2017-10-14 13:55:02 +02:00
mad-numdiff
…
mafft
…
magics
…
magma
…
makedepend
…
mallocmc
…
man-db
…
mariadb
…
masa
Masa requires python if +python. (#5547)
2017-09-29 16:14:12 -06:00
matio
…
matlab
…
maven
maven: new version (#5631)
2017-10-06 13:53:56 -06:00
maverick
…
mawk
…
mbedtls
…
mcl
…
mdtest
…
meep
…
memaxes
…
meme
…
mercurial
…
mesa
…
mesa-glu
…
meshkit
…
meson
…
mesquite
…
metaphysicl
Add metaphysicl package (#5539)
2017-09-28 18:02:07 -07:00
metis
…
mfem
Updated external package versions. (#5833)
2017-10-24 11:10:59 +02:00
microbiomeutil
…
miniaero
…
miniamr
Add a bundle package for the ECP proxy applications suite (#5689)
2017-10-11 13:39:30 -06:00
miniconda2
…
miniconda3
…
minife
…
minighost
…
minigmg
…
minimap2
minimap2: new package (#5722)
2017-10-12 10:07:42 -06:00
minimd
…
minismac2d
…
minixyce
…
mirdeep
…
mitofates
…
mitos
…
mkfontdir
…
mkfontscale
…
mlhka
…
moab
…
molcas
…
mono
Add info for mono@5.4.0.167 (#5405)
2017-09-20 18:44:53 -06:00
mosh
New version for mosh1.3.2 (#5448)
2017-09-24 15:12:35 -06:00
mothur
…
mozjs
…
mpc
…
mpe2
…
mpest
…
mpfr
Tell configure about gmp (#5585)
2017-10-03 14:40:14 -06:00
mpibash
…
mpiblast
…
mpich
Additional MPICH configs (#5259)
2017-09-27 10:50:05 -07:00
mpifileutils
…
mpileaks
…
mpip
…
mpir
…
mpix-launch-swift
…
mrbayes
…
mrnet
…
mrtrix3
mrtrix3: new package (#5568)
2017-10-02 15:56:15 -06:00
msgpack-c
…
mshadow
Add a package: dmlc/mxnet. (#3579)
2017-10-10 13:56:26 -07:00
multitail
Add package for multitail@6.4.2 (#5567)
2017-10-03 16:05:19 -06:00
multiverso
…
mummer
…
mumps
…
munge
…
muparser
…
muscle
…
muse
…
muster
…
mvapich2
…
mxml
…
mxnet
Add a package: dmlc/mxnet. (#3579)
2017-10-10 13:56:26 -07:00
nag
…
nalu
Adding openfast variant to nalu. (#5675)
2017-10-09 20:10:47 -06:00
namd
…
nano
…
nanoflann
…
nasm
…
nauty
Patches are hashed with specs, and can be associated with dependencies.
2017-09-30 02:06:59 -07:00
nccl
…
nccmp
…
ncdu
…
ncftp
…
ncl
ncl: Fix temp directory and depend on esmf (#5636)
2017-10-06 13:53:05 -06:00
nco
…
ncurses
…
ncview
…
ndiff
…
nekbone
…
neovim
…
netcdf
Update for 'hdf5'. (#5790)
2017-10-24 11:09:08 +02:00
netcdf-cxx
…
netcdf-cxx4
…
netcdf-fortran
…
netgauge
…
netgen
…
netlib-lapack
…
netlib-scalapack
…
nettle
…
nextflow
…
nfft
…
nghttp2
Nghttp2 new package (#5627)
2017-10-06 13:59:56 -06:00
nginx
…
ngmlr
…
ninja
ninja: add v1.8.2 (#5625)
2017-10-10 12:50:56 -07:00
ninja-fortran
…
nmap
…
nnvm
Add a package: dmlc/mxnet. (#3579)
2017-10-10 13:56:26 -07:00
node-js
Fix node-js : requires openssl min 1.0.2 (#5650)
2017-10-08 17:04:09 -06:00
notmuch
…
npb
…
npm
…
npth
…
nspr
…
numactl
…
numdiff
…
nut
…
nwchem
Patches are hashed with specs, and can be associated with dependencies.
2017-09-30 02:06:59 -07:00
ocaml
…
oce
oce: add 0.18.2 (#5767)
2017-10-14 16:39:21 -06:00
oclock
…
octave
…
octave-splines
…
octopus
…
of-adios-write
remove wildcards from make spack core and packages
2017-10-24 10:05:36 +02:00
ompss
…
ompt-openmp
…
oniguruma
…
ont-albacore
…
opari2
…
openbabel
…
openblas
remove wildcards from make spack core and packages
2017-10-24 10:05:36 +02:00
opencoarrays
…
opencv
Opencv: fix dependencies and variants (#5232)
2017-09-20 21:37:52 -07:00
openexr
…
openfast
Add OpenFAST package (wind turbine simulation tool). (#5662)
2017-10-12 11:42:51 -07:00
openfoam-com
fix bugs found with stricter flake8 rules
2017-10-24 10:05:36 +02:00
openfoam-org
remove wildcards from make spack core and packages
2017-10-24 10:05:36 +02:00
openfst
…
openjpeg
…
openmc
…
openmpi
OpenMPI: add 2.1.2 bug fix release (#5418)
2017-09-21 13:26:23 -07:00
openscenegraph
…
openspeedshop
…
openssh
…
openssl
OpenSSL: Fix Zlib (#5584)
2017-10-04 10:25:11 -06:00
opium
…
opus
…
orfm
…
orthomcl
…
osu-micro-benchmarks
…
otf
…
otf2
…
p4est
…
p7zip
…
pacbio-daligner
…
pacbio-damasker
…
pacbio-dazz-db
…
pacbio-dextractor
…
pagit
…
pagmo
…
paml
…
panda
…
pango
…
papi
…
paradiseo
…
parallel
…
parallel-netcdf
…
paraver
…
paraview
Forcing Paraview to avoid using git describe to determine its own version number (#5783)
2017-10-16 15:32:23 -06:00
parmetis
…
parmgridgen
…
parsimonator
…
parsplice
parsplice: add version 1.1 (#5461)
2017-09-23 20:28:40 -07:00
partitionfinder
…
patch
…
patchelf
…
pathfinder
…
pax-utils
…
pbmpi
…
pcma
…
pcre
Update git to @2.14.1, requires pcre+jit variant (#5430)
2017-09-22 16:43:45 -07:00
pcre2
…
pdsh
…
pdt
…
pegtl
…
pennant
…
perl
perl: add old version (#5844)
2017-10-20 16:18:24 -07:00
perl-capture-tiny
fastq-screen: new package (#5431)
2017-09-28 12:48:31 -06:00
perl-dbfile
…
perl-dbi
…
perl-devel-cycle
…
perl-extutils-makemaker
…
perl-extutils-pkgconfig
fastq-screen: new package (#5431)
2017-09-28 12:48:31 -06:00
perl-font-ttf
…
perl-gd
fastq-screen: new package (#5431)
2017-09-28 12:48:31 -06:00
perl-gd-graph
fastq-screen: new package (#5431)
2017-09-28 12:48:31 -06:00
perl-gd-text
fastq-screen: new package (#5431)
2017-09-28 12:48:31 -06:00
perl-intervaltree
…
perl-math-cdf
…
perl-module-build
…
perl-padwalker
…
perl-pdf-api2
…
perl-star-fusion
…
perl-sub-uplevel
…
perl-term-readkey
…
perl-test-exception
…
perl-test-memory-cycle
…
perl-uri-escape
…
perl-xml-parser
…
petsc
petsc: a temporary workaround for concretizer bug in all packages which depend on SLEPc (#5755)
2017-10-16 00:53:55 -07:00
pexsi
…
pfft
…
pflotran
…
pgdspider
…
pgi
…
phasta
…
phylip
…
picard
…
pidx
…
pigz
…
piranha
…
pixman
…
pkg-config
…
pkgconf
…
planck-likelihood
…
plasma
Fix bare 'except:' to placate errors in new flake8 version.
2017-10-24 10:05:36 +02:00
plink
…
plumed
plumed: reworked patching applications, added new version (#5680)
2017-10-10 12:35:53 -07:00
pmgr-collective
…
pmix
PMIx: add PMIx package to Spack (#5426)
2017-09-22 11:27:28 -06:00
pnfft
…
pngwriter
…
poamsa
…
pocl
remove wildcards from make spack core and packages
2017-10-24 10:05:36 +02:00
polymake
…
porta
…
portage
portage: fixes + added v1.1.* (#5706)
2017-10-16 09:59:41 -07:00
postgresql
…
ppl
…
prank
…
presentproto
…
preseq
…
price
…
primer3
…
printproto
…
probconsrna
…
proj
…
protobuf
Fix Protobuf URLs (#5373)
2017-09-25 10:47:55 -07:00
proxymngr
…
pruners-ninja
…
ps-lite
Add a package: dmlc/mxnet. (#3579)
2017-10-10 13:56:26 -07:00
psi4
…
pstreams
…
pugixml
…
pumi
…
pvm
…
py-3to2
…
py-4suite-xml
…
py-abipy
…
py-alabaster
…
py-apache-libcloud
…
py-apipkg
…
py-appdirs
…
py-appnope
…
py-apscheduler
…
py-argcomplete
…
py-argparse
…
py-ase
…
py-asn1crypto
…
py-astroid
…
py-astropy
…
py-attrs
…
py-autopep8
…
py-babel
…
py-backports-abc
…
py-backports-shutil-get-terminal-size
…
py-backports-ssl-match-hostname
…
py-basemap
…
py-beautifulsoup4
…
py-binwalk
…
py-biom-format
…
py-biopython
…
py-bleach
…
py-blessings
…
py-bokeh
…
py-boltons
…
py-bottleneck
…
py-brian
…
py-brian2
…
py-bsddb3
…
py-cclib
…
py-cdat-lite
…
py-cdo
…
py-certifi
…
py-cffi
…
py-chardet
…
py-click
…
py-colorama
…
py-colormath
…
py-configparser
…
py-counter
…
py-coverage
…
py-cpuinfo
…
py-cryptography
…
py-csvkit
Version fixes for py-csvkit (#5393)
2017-09-22 10:06:15 -07:00
py-current
…
py-cutadapt
…
py-cycler
…
py-cython
…
py-dask
…
py-dateutil
Version fixes for py-csvkit (#5393)
2017-09-22 10:06:15 -07:00
py-dbf
Version fixes for py-csvkit (#5393)
2017-09-22 10:06:15 -07:00
py-decorator
…
py-deeptools
…
py-dev
…
py-dill
…
py-docutils
…
py-doxypy
…
py-doxypypy
…
py-dryscrape
…
py-dxchange
…
py-dxfile
…
py-easybuild-easyblocks
…
py-easybuild-easyconfigs
…
py-easybuild-framework
…
py-edffile
…
py-elasticsearch
…
py-elephant
…
py-emcee
…
py-entrypoints
…
py-enum34
…
py-epydoc
…
py-espresso
py-espresso: initial commit (#5724)
2017-10-13 12:29:30 -07:00
py-espressopp
espressopp -> py-espressopp (#5732)
2017-10-13 12:28:36 -07:00
py-et-xmlfile
…
py-execnet
…
py-fastaindex
…
py-fasteners
…
py-faststructure
…
py-fiscalyear
…
py-flake8
patch py-mccabe and py-flake8 to not require pytest-runner for install (#5427)
2017-09-25 12:46:47 -07:00
py-flask
…
py-flexx
…
py-funcsigs
…
py-functools32
…
py-future
…
py-futures
…
py-genders
…
py-genshi
…
py-git2
…
py-git-review
…
py-gnuplot
…
py-griddataformats
…
py-guidata
…
py-guiqwt
…
py-h5py
…
py-html2text
…
py-html5lib
…
py-httpbin
…
py-hypothesis
…
py-idna
…
py-igraph
…
py-imagesize
…
py-iminuit
…
py-importlib
…
py-ipaddress
…
py-ipdb
…
py-ipykernel
…
py-ipython
…
py-ipython-genutils
…
py-ipywidgets
…
py-itsdangerous
…
py-jdcal
…
py-jedi
…
py-jinja2
…
py-joblib
…
py-jpype
…
py-jsonschema
…
py-junit-xml
…
py-jupyter-client
…
py-jupyter-console
…
py-jupyter-core
…
py-jupyter-notebook
…
py-keras
…
py-latexcodec
…
py-lazy
…
py-lazyarray
…
py-libconf
…
py-line-profiler
…
py-lit
…
py-lmfit
…
py-lockfile
…
py-logilab-common
…
py-lxml
…
py-lzstring
…
py-macholib
…
py-machotools
…
py-macs2
…
py-mako
…
py-mappy
minimap2: new package (#5722)
2017-10-12 10:07:42 -06:00
py-markdown
…
py-markupsafe
…
py-matplotlib
…
py-mccabe
patch py-mccabe and py-flake8 to not require pytest-runner for install (#5427)
2017-09-25 12:46:47 -07:00
py-mdanalysis
…
py-meep
…
py-memory-profiler
Add package py-memory-profiler (#5413)
2017-09-21 20:00:09 -06:00
py-methylcode
…
py-misopy
…
py-mistune
…
py-mock
…
py-mongo
…
py-monotonic
…
py-monty
…
py-mpi4py
py-mpi4py: Add develop version and dependencies (#5798)
2017-10-18 15:56:48 -06:00
py-mpmath
…
py-multiprocess
…
py-multiqc
…
py-mx
…
py-mxnet
Add a package: dmlc/mxnet. (#3579)
2017-10-10 13:56:26 -07:00
py-myhdl
…
py-mysqldb1
…
py-nbconvert
…
py-nbformat
…
py-neo
…
py-nestle
…
py-netcdf4
…
py-netifaces
…
py-networkx
…
py-nose
…
py-nosexcover
…
py-numexpr
…
py-numpy
…
py-numpydoc
…
py-olefile
…
py-ont-fast5-api
…
py-openpyxl
Version fixes for py-csvkit (#5393)
2017-09-22 10:06:15 -07:00
py-ordereddict
…
py-oset
…
py-packaging
…
py-palettable
…
py-pandas
…
py-paramiko
…
py-pathlib2
…
py-pathos
…
py-pathspec
…
py-patsy
…
py-pbr
…
py-periodictable
…
py-petsc4py
…
py-pexpect
…
py-phonopy
…
py-pickleshare
…
py-pil
…
py-pillow
…
py-pip
…
py-pipits
…
py-pkgconfig
…
py-ply
…
py-pmw
…
py-pox
…
py-ppft
…
py-prettytable
…
py-proj
…
py-prompt-toolkit
…
py-protobuf
…
py-psutil
…
py-ptyprocess
…
py-pudb
…
py-py
…
py-py2bit
…
py-py2cairo
…
py-py2neo
…
py-py4j
…
py-pyasn1
…
py-pybigwig
…
py-pybind11
…
py-pybtex
…
py-pybtex-docutils
…
py-pychecker
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…
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…
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…
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…
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…
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…
py-tqdm
…
py-traitlets
…
py-tuiview
…
py-twisted
…
py-typing
…
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…
py-unittest2
…
py-unittest2py3k
…
py-urllib3
…
py-urwid
…
py-vcversioner
…
py-virtualenv
…
py-vsc-base
…
py-vsc-install
…
py-wcsaxes
…
py-wcwidth
…
py-webkit-server
…
py-werkzeug
…
py-wheel
…
py-widgetsnbextension
…
py-wrapt
…
py-xarray
…
py-xlrd
…
py-xmlrunner
…
py-xopen
…
py-xpyb
…
py-xvfbwrapper
…
py-yapf
…
py-yt
…
py-zmq
…
python
Fix bare 'except:' to placate errors in new flake8 version.
2017-10-24 10:05:36 +02:00
qbank
…
qbox
…
qhull
…
qmcpack
qmcpack: new package (#4907)
2017-10-06 13:51:18 -07:00
qmd-progress
…
qrupdate
…
qt
…
qt-creator
added qt creator version 4.4.0 (#5518)
2017-09-27 21:49:33 -06:00
qtgraph
…
qthreads
…
quinoa
…
qwt
…
r
remove wildcards from make spack core and packages
2017-10-24 10:05:36 +02:00
r-a4
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-a4base
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-a4classif
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-a4core
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-a4preproc
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-a4reporting
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-abadata
r-abadata: new package. (#5611)
2017-10-05 08:58:04 -06:00
r-abaenrichment
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-abind
…
r-absseq
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-acde
r-acde: Create new package. (#5616)
2017-10-05 10:21:17 -06:00
r-acgh
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-acme
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-ada
…
r-adabag
…
r-ade4
…
r-adegenet
…
r-adsplit
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-affxparser
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-affy
r-affy: added versioned dependency on r (#5660)
2017-10-11 19:49:48 -06:00
r-affycomp
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-affycompatible
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-affycontam
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-affydata
r-affydata: Create new package. (#5665)
2017-10-09 17:05:21 -06:00
r-affyexpress
r-affyexpress: Create new package. (#5807)
2017-10-18 19:07:04 -06:00
r-affyilm
r-affyilm: Create new package. (#5810)
2017-10-18 19:06:16 -06:00
r-affyio
r-affyio: added versioned dependency on r (#5661)
2017-10-11 19:49:28 -06:00
r-affypdnn
r-affypdnn: Create new package. (#5826)
2017-10-24 11:12:47 +02:00
r-affyplm
r-affyplm: Create new package. (#5827)
2017-10-24 11:12:56 +02:00
r-affyqcreport
r-affyqcreport: Create new package. (#5829)
2017-10-24 11:13:44 +02:00
r-affyrnadegradation
r-affyrnadegradation: Create new package. (#5830)
2017-10-24 11:13:53 +02:00
r-annaffy
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-annotate
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-annotationdbi
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-ape
…
r-assertthat
r-assertthat: update version to 0.2.0 (#5435)
2017-09-23 14:58:53 +00:00
r-base64enc
…
r-beanplot
r-beanplot: created new package (#5825)
2017-10-24 11:12:15 +02:00
r-bh
r-bh: update version. (#5442)
2017-09-23 15:01:35 +00:00
r-biobase
r-biobase: new package (#5398)
2017-09-20 19:00:56 -07:00
r-biocgenerics
r-biocgenerics: added version 0.22.1 and added versioned dependency on r (#5683)
2017-10-11 19:48:19 -06:00
r-biocinstaller
r-biocinstaller: added versioned dependency on r (#5663)
2017-10-11 19:49:08 -06:00
r-biocparallel
r-biocparallel: created new package (#5703)
2017-10-11 19:42:25 -06:00
r-biomart
r-biomart: added versioned dependency on r (#5666)
2017-10-11 19:41:08 -06:00
r-biostrings
r-biostrings: added versioned dependency on r (#5667)
2017-10-13 07:51:30 -06:00
r-bit
r-bit: new package. (#5436)
2017-09-23 14:59:09 +00:00
r-bit64
r-bit64: new package. (#5437)
2017-09-25 16:38:18 -06:00
r-bitops
…
r-blob
r-blob: new package. (#5438)
2017-09-25 14:41:18 -06:00
r-boot
r-boot: Update version to 1.3-20 (#5615)
2017-10-05 10:20:45 -06:00
r-brew
…
r-bumphunter
r-bumphunter: new package (#5824)
2017-10-24 11:09:38 +02:00
r-c50
…
r-car
…
r-caret
…
r-catools
…
r-checkpoint
…
r-chron
…
r-class
…
r-cluster
r-cluster: Update version to 2.0.6. (#5618)
2017-10-05 10:21:44 -06:00
r-coda
…
r-codetools
…
r-coin
…
r-colorspace
…
r-corpcor
…
r-corrplot
…
r-crayon
…
r-cubature
…
r-cubist
…
r-curl
…
r-data-table
…
r-dbi
r-dbi: updated to version 0.7 (#5537)
2017-09-28 22:14:56 -06:00
r-delayedarray
r-delayedarray: created new package (#5704)
2017-10-11 19:42:04 -06:00
r-deldir
…
r-dendextend
…
r-deoptim
…
r-deoptimr
…
r-devtools
…
r-diagrammer
…
r-dichromat
…
r-digest
…
r-diptest
…
r-domc
…
r-doparallel
…
r-dorng
r-dorng: created new package (#5740)
2017-10-13 07:47:01 -06:00
r-downloader
r-downloader: created new package (#5556)
2017-09-29 16:05:30 -06:00
r-dplyr
r-dplyr: Update version to 0.7.3 (#5531)
2017-09-28 13:09:30 -06:00
r-dt
…
r-dygraphs
…
r-e1071
…
r-edger
r-edger: added versioned dependency on r (#5669)
2017-10-13 18:32:43 -06:00
r-ellipse
…
r-ergm
…
r-evaluate
…
r-expm
…
r-factoextra
…
r-factominer
…
r-filehash
…
r-flashclust
…
r-flexmix
…
r-foreach
…
r-foreign
…
r-formatr
…
r-formula
…
r-fpc
…
r-futile-logger
r-futile-logger: created new package (#5701)
2017-10-11 19:43:15 -06:00
r-futile-options
r-futile-options: created new package (#5699)
2017-10-11 19:43:53 -06:00
r-gbm
r-gbm: new package. (#5548)
2017-09-29 15:29:11 -06:00
r-gcrma
r-gcrma: added versioned dependency on r (#5670)
2017-10-12 16:18:30 -06:00
r-gdata
r-gdata: Update version to 2.18.0 (#5495)
2017-09-28 18:13:06 -07:00
r-genefilter
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-genomeinfodb
r-genomeinfodb: created new package (#5695)
2017-10-11 19:47:03 -06:00
r-genomeinfodbdata
r-genomeinfodbdata: added versioned dependency on r (#5685)
2017-10-11 19:48:00 -06:00
r-genomicfeatures
r-genomicfeatures: new package (#5811)
2017-10-18 19:05:53 -06:00
r-genomicranges
r-genomicranges: added new package (#5697)
2017-10-11 19:45:03 -06:00
r-geosphere
…
r-ggmap
…
r-ggplot2
…
r-ggpubr
…
r-ggrepel
…
r-ggsci
…
r-ggvis
r-ggvis: Update version to 0.4.3 (#5532)
2017-09-28 13:13:47 -06:00
r-gistr
…
r-git2r
…
r-glmnet
r-glmnet: update version. (#5470)
2017-09-25 16:39:41 -06:00
r-gmodels
…
r-gmp
…
r-go-db
r-annaffy: new package. (#5414)
2017-09-28 12:49:31 -06:00
r-googlevis
…
r-gplots
r-gplots: Create New Package. (#5494)
2017-09-27 10:20:17 -06:00
r-gridbase
…
r-gridextra
…
r-gtable
…
r-gtools
…
r-hexbin
…
r-highr
…
r-hms
r-hms: created new package (#5638)
2017-10-06 20:12:59 -06:00
r-htmltools
r-htmltools: Update version to 0.3.6 (#5528)
2017-09-28 11:31:16 -06:00
r-htmlwidgets
r-htmlwidgets: Update version to 0.8. (#5551)
2017-09-29 14:28:48 -07:00
r-httpuv
r-httpuv: Update version to 1.3.5 (#5527)
2017-09-28 11:30:57 -06:00
r-httr
…
r-hwriter
r-hwriter: new package. (#5549)
2017-09-29 15:29:26 -06:00
r-igraph
…
r-influencer
…
r-inline
…
r-ipred
…
r-iranges
r-annotationdbi: new package (#5408)
2017-09-25 16:37:31 -06:00
r-irdisplay
…
r-irkernel
…
r-irlba
…
r-iterators
…
r-jpeg
…
r-jsonlite
r-jsonlite: Update version to 1.5 (#5524)
2017-09-28 11:28:49 -06:00
r-kegg-db
r-annaffy: new package. (#5414)
2017-09-28 12:49:31 -06:00
r-kernlab
…
r-kernsmooth
…
r-kknn
…
r-knitr
…
r-labeling
…
r-lambda-r
r-lambda-r: created new package (#5700)
2017-10-11 19:43:33 -06:00
r-laplacesdemon
…
r-lattice
r-glmnet: update version. (#5470)
2017-09-25 16:39:41 -06:00
r-lava
…
r-lazyeval
…
r-leaflet
…
r-leaps
…
r-learnbayes
…
r-limma
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-lme4
…
r-lmtest
…
r-locfit
r-locfit: created new package (#5572)
2017-10-02 15:54:26 -06:00
r-lpsolve
…
r-lubridate
…
r-magic
…
r-magrittr
…
r-mapproj
…
r-maps
…
r-maptools
…
r-markdown
…
r-mass
…
r-matrix
r-glmnet: update version. (#5470)
2017-09-25 16:39:41 -06:00
r-matrixmodels
…
r-matrixstats
r-matrixstats: created new package (#5682)
2017-10-11 19:48:39 -06:00
r-mclust
…
r-mda
…
r-memoise
r-memoise: update version. (#5440)
2017-09-23 15:00:50 +00:00
r-mgcv
…
r-mime
…
r-minqa
…
r-mlbench
…
r-mlinterfaces
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-modelmetrics
…
r-modeltools
…
r-mpm
r-mpm: new package. (#5416)
2017-09-21 13:36:51 -07:00
r-multcomp
…
r-multtest
bioconductor update (#5786)
2017-10-24 11:19:19 +02:00
r-munsell
…
r-mvtnorm
…
r-ncdf4
…
r-network
…
r-networkd3
…
r-nlme
…
r-nloptr
…
r-nmf
…
r-nnet
…
r-nor1mix
r-nor1mix: created new package (#5828)
2017-10-24 11:13:04 +02:00
r-np
…
r-numderiv
…
r-openssl
…
r-packrat
…
r-pacman
…
r-pamr
r-pamr: new package (#5514)
2017-09-27 21:48:04 -06:00
r-party
…
r-partykit
…
r-pbdzmq
…
r-pbkrtest
…
r-permute
…
r-pkgconfig
r-pkgconfig: new package. (#5441)
2017-09-25 16:38:45 -06:00
r-pkgmaker
…
r-plogr
r-plogr: new package. (#5443)
2017-09-25 16:42:03 -06:00
r-plotrix
…
r-pls
…
r-plyr
…
r-png
…
r-prabclus
…
r-praise
…
r-preprocesscore
r-preprocesscore: added versioned dependency on r (#5671)
2017-10-13 18:50:26 -06:00
r-prodlim
…
r-proto
…
r-pryr
…
r-quadprog
…
r-quantmod
…
r-quantreg
…
r-r6
r-r6: Update version to 2.2.2 (#5529)
2017-09-28 12:46:11 -06:00
r-randomforest
…
r-raster
…
r-rbokeh
…
r-rcolorbrewer
…
r-rcpp
r-rcpp: Update version to 0.12.13 (#5526)
2017-09-28 11:30:25 -06:00
r-rcppeigen
…
r-rcurl
r-rcurl: created new package (#5492)
2017-09-26 17:49:54 -06:00
r-rda
r-rda: new package. (#5523)
2017-09-28 11:28:29 -06:00
r-readr
r-readr: created new package (#5741)
2017-10-13 07:47:43 -06:00
r-registry
…
r-repr
…
r-reshape2
…
r-rgl
…
r-rgooglemaps
…
r-rinside
…
r-rjava
…
r-rjson
…
r-rjsonio
…
r-rlang
r-adsplit: Create new package and update version for its dependencies. (#5640)
2017-10-09 17:10:29 -06:00
r-rmarkdown
…
r-rminer
…
r-rmpfr
…
r-rmpi
r-rmpi: added list_url and updated md5 (#5698)
2017-10-13 18:35:06 -06:00
r-rmysql
…
r-rngtools
…
r-robustbase
…
r-rocr
r-rocr: new package. (#5513)
2017-09-27 21:47:47 -06:00
r-rodbc
…
r-roxygen2
…
r-rpart
…
r-rpart-plot
…
r-rpostgresql
…
r-rsamtools
r-rsamtools: created new package (#5702)
2017-10-11 19:42:55 -06:00
r-rsnns
…
r-rsqlite
r-rsqlite: Update version to 2.0. (#5444)
2017-09-23 15:02:27 +00:00
r-rstan
…
r-rstudioapi
…
r-rtracklayer
r-rtracklayer: new package (#5808)
2017-10-18 19:06:36 -06:00
r-rzmq
…
r-s4vectors
r-s4vectors: added versioned dependency on r (#5672)
2017-10-13 18:32:17 -06:00
r-sandwich
…
r-scales
…
r-scatterplot3d
…
r-segmented
…
r-seqinr
…
r-sfsmisc
r-sfsmisc: new package. (#5516)
2017-09-27 22:16:02 -06:00
r-shiny
r-shiny: update version to 1.0.5 (#5530)
2017-09-28 11:31:27 -06:00
r-siggenes
r-siggenes: new package (#5831)
2017-10-24 11:14:04 +02:00
r-simpleaffy
r-simpleaffy: added versioned dependency on r (#5673)
2017-10-12 16:18:15 -06:00
r-snow
…
r-sp
…
r-sparsem
…
r-spdep
…
r-stanheaders
…
r-statnet-common
…
r-stringi
r-stringi: added list_url and version 1.1.5 and 1.1.3 (#5737)
2017-10-13 07:45:26 -06:00
r-stringr
r-stringr: added list_url and version 1.2.0 (#5738)
2017-10-13 07:46:29 -06:00
r-strucchange
…
r-summarizedexperiment
r-summarizedexperiment: created new package (#5734)
2017-10-13 07:45:05 -06:00
r-survey
…
r-survival
r-survival: updated to version 2.41-3 (#5409)
2017-09-20 18:42:16 -06:00
r-tarifx
…
r-testit
…
r-testthat
…
r-th-data
…
r-threejs
r-threejs: Correct url. (#5553)
2017-09-29 15:33:05 -06:00
r-tibble
r-tibble: added dependency r-rlang (#5536)
2017-10-04 09:59:40 -07:00
r-tidyr
…
r-trimcluster
…
r-trust
…
r-ttr
…
r-uuid
…
r-varselrf
r-varselrf: new package. (#5515)
2017-09-27 21:48:22 -06:00
r-vcd
…
r-vegan
…
r-viridis
…
r-viridislite
…
r-visnetwork
…
r-whisker
…
r-withr
…
r-xgboost
…
r-xlconnect
…
r-xlconnectjars
…
r-xlsx
…
r-xlsxjars
…
r-xml
r-xml: updated url and added version 3.98-1.9 (#5466)
2017-09-25 16:46:01 -06:00
r-xtable
…
r-xts
…
r-xvector
r-xvector: added versioned dependency on r (#5731)
2017-10-13 16:01:18 -06:00
r-yaml
r-yaml: Correct url (#5550)
2017-09-29 16:05:55 -06:00
r-yaqcaffy
r-yaqcaffy: added list_url and versioned dependency on r (#5730)
2017-10-13 07:44:26 -06:00
r-zlibbioc
r-zlibbioc: added versioned dependency on r (#5674)
2017-10-13 07:50:10 -06:00
r-zoo
…
raft
…
raja
…
randfold
…
random123
…
randrproto
…
ravel
…
raxml
…
ray
…
rdp-classifier
…
readline
…
recordproto
…
redundans
…
relion
…
rempi
…
rename
…
rendercheck
…
renderproto
…
resourceproto
…
revbayes
…
rgb
…
rhash
…
rockstar
…
root
…
rose
…
rr
…
rsbench
…
rsem
…
rstart
…
rsync
…
rtags
…
rtax
…
ruby
…
rust
…
rust-bindgen
…
sabre
…
salmon
…
sambamba
[WIP]: Sambamba new package (#5304)
2017-09-20 18:23:49 -06:00
samrai
…
samtools
samtools: add version 1.6 + some fixes (#5715)
2017-10-12 10:08:31 -06:00
sandbox
Add the Sandbox package (#5595)
2017-10-04 18:40:03 -07:00
sas
…
satsuma2
…
savanna
…
saws
…
sbt
…
scala
…
scalasca
…
scons
…
scorec-core
…
scorep
…
scotch
…
scr
…
screen
…
scripts
…
scrnsaverproto
…
sctk
…
sdl2
…
sdl2-image
…
sed
…
seqprep
…
seqtk
…
serf
…
sessreg
…
setxkbmap
…
sga
…
shapeit
…
shared-mime-info
Missing perl dependencies (#5204)
2017-09-26 07:27:28 -06:00
shiny-server
…
shortstack
…
showfont
…
sickle
…
signalp
…
silo
Update pic/shared variants for hdf5, python, silo (#5423)
2017-09-21 18:14:31 -07:00
simplemoc
…
simul
…
simulationio
…
singularity
singularity 2.4 added (#5782)
2017-10-17 01:28:19 -07:00
slepc
slepc: refine version constraints for petsc 3.8 (#5752)
2017-10-13 07:11:17 -06:00
slurm
…
smalt
…
smc
add newlines at end of some package files
2017-10-24 10:05:36 +02:00
smproxy
…
snakemake
…
snap
…
snap-berkeley
…
snap-korf
snap-korf: new package (#5589)
2017-10-10 11:09:31 -07:00
snappy
snappy: Build shared library by default (#5534)
2017-09-28 14:18:50 -06:00
snbone
…
sniffles
…
snptest
…
soap2
…
soapindel
…
soapsnp
…
somatic-sniper
…
sortmerna
…
sowing
…
sox
…
spades
…
spark
…
sparsehash
…
sparta
…
spdlog
…
spectrum-mpi
…
speex
…
sph2pipe
…
spherepack
…
spindle
…
spot
…
sqlite
…
squid
…
sra-toolkit
sra-toolkit: new package (#5588)
2017-10-03 14:41:41 -06:00
sspace-longread
…
sspace-standard
…
sst-dumpi
…
sst-macro
…
stacks
…
staden-io-lib
…
star
…
star-ccm-plus
…
stat
…
stc
…
stream
…
strelka
Strelka depends on boost 1.56.0 *or newer* (#5690)
2017-10-11 17:21:26 -06:00
stress
…
stringtie
…
structure
…
sublime-text
…
subread
…
subversion
…
suite-sparse
…
sumaclust
…
sundials
Update Sundials package (#5696)
2017-10-13 21:13:10 -06:00
superlu
…
superlu-dist
superlu_dist: update to latest version 5.2.1 (#5762)
2017-10-13 21:22:44 -06:00
superlu-mt
…
swarm
…
swiftsim
…
swig
…
symengine
…
sympol
…
sz
SZ: add version 1.4.11 (#5517)
2017-09-27 16:30:43 -07:00
tabix
…
talloc
…
tar
…
targetp
…
task
…
taskd
…
tassel
tassel: new package (#5583)
2017-10-04 10:28:28 -06:00
tau
…
tcl
…
tcoffee
…
tcsh
Patches are hashed with specs, and can be associated with dependencies.
2017-09-30 02:06:59 -07:00
tealeaf
…
tetgen
…
tethex
…
texinfo
…
texlive
Use trusted/historic site for texlive installer (#5347)
2017-09-21 07:22:09 -06:00
the-platinum-searcher
…
the-silver-searcher
The silver searcher: new version (#5630)
2017-10-06 13:56:58 -06:00
thrift
…
tig
…
tinyxml
…
tinyxml2
…
tk
…
tmalign
…
tmhmm
…
tmux
tmux: add version 2.5 (#5449)
2017-09-22 19:30:47 -07:00
tmuxinator
…
tophat
…
tppred
…
transabyss
…
transdecoder
…
transposome
…
transset
…
trapproto
…
tree
…
triangle
…
trilinos
flake8: fix warnings (#5759)
2017-10-13 15:16:58 -06:00
trimgalore
…
trimmomatic
…
turbine
…
turbomole
…
tut
…
twm
…
tycho2
tycho2: initial commit (#5196)
2017-09-28 14:48:54 -07:00
uberftp
…
udunits2
…
uncrustify
…
unibilium
…
unison
…
units
…
unixodbc
…
usearch
…
util-linux
…
util-macros
…
uuid
…
valgrind
…
vampirtrace
…
vardictjava
Add a package for VarDictJava@1.5.1 (#5626)
2017-10-06 13:58:34 -06:00
varscan
…
vc
…
vcftools
…
vcsh
…
vdt
…
vecgeom
…
veclibfort
…
vegas2
…
velvet
…
videoproto
…
viennarna
…
viewres
…
vim
…
virtualgl
…
visit
…
vizglow
…
vmatch
…
voropp
…
votca-csg
…
votca-ctp
…
votca-moo
…
votca-tools
…
votca-xtp
votca-xtp: added url (#5772)
2017-10-17 01:39:02 -07:00
vpfft
…
vpic
…
vsearch
…
vtk
…
wannier90
…
wget
…
windowswmproto
…
wt
…
wx
…
wxpropgrid
…
x11perf
…
xapian-core
…
xauth
…
xbacklight
…
xbiff
…
xbitmaps
…
xcalc
…
xcb-demo
…
xcb-proto
…
xcb-util
…
xcb-util-cursor
…
xcb-util-errors
…
xcb-util-image
…
xcb-util-keysyms
…
xcb-util-renderutil
…
xcb-util-wm
…
xclipboard
…
xclock
…
xcmiscproto
…
xcmsdb
…
xcompmgr
…
xconsole
…
xcursor-themes
…
xcursorgen
…
xdbedizzy
…
xditview
…
xdm
…
xdpyinfo
…
xdriinfo
…
xedit
…
xerces-c
xerces-c: Fix url (#5597)
2017-10-04 10:25:31 -06:00
xev
…
xextproto
…
xeyes
…
xf86bigfontproto
…
xf86dga
…
xf86dgaproto
…
xf86driproto
…
xf86miscproto
…
xf86rushproto
…
xf86vidmodeproto
…
xfd
…
xfindproxy
…
xfontsel
…
xfs
…
xfsinfo
…
xfwp
…
xgamma
…
xgc
…
xhost
…
xineramaproto
…
xinit
…
xinput
…
xkbcomp
…
xkbdata
…
xkbevd
…
xkbprint
…
xkbutils
…
xkeyboard-config
…
xkill
…
xload
…
xlogo
…
xlsatoms
…
xlsclients
…
xlsfonts
…
xmag
…
xman
…
xmessage
…
xmh
…
xmlto
…
xmodmap
…
xmore
…
xorg-cf-files
…
xorg-docs
…
xorg-gtest
…
xorg-server
…
xorg-sgml-doctools
…
xphelloworld
…
xplor-nih
…
xplsprinters
…
xpr
…
xprehashprinterlist
…
xprop
…
xproto
…
xproxymanagementprotocol
…
xqilla
…
xrandr
…
xrdb
…
xrefresh
…
xrootd
…
xrx
…
xsbench
xsbench: add v14 (#5835)
2017-10-20 08:52:17 +02:00
xscope
…
xsdk
…
xsdktrilinos
…
xset
…
xsetmode
…
xsetpointer
…
xsetroot
…
xsm
…
xstdcmap
…
xterm
…
xtrans
…
xtrap
…
xts
…
xvidtune
…
xvinfo
…
xwd
…
xwininfo
…
xwud
…
xz
…
yajl
Added Spackage for YAJL (#5566)
2017-10-02 12:50:55 -06:00
yaml-cpp
…
yasm
…
yorick
…
z3
…
zeromq
…
zfp
…
zip
…
zlib
…
zoltan
…
zsh
…
zstd
…