zhangyiss/spack
1
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Actions Packages Projects Releases Wiki Activity
Files
a92268d62ac47a37391df02ef0c077965b1dda0b
spack/var/spack/repos/builtin/packages
History
Brian Van Essen a92268d62a Lbann update (#6751) 
* Added a package for the MDAnalysis toolkit.

* Updated the LBANN recipe to use the revised cmake environment being
rolled out.

* Flake8 errors
2018-01-02 20:01:23 -06:00
..
abinit
…
abyss
…
ack
…
activeharmony
…
adept-utils
…
adios
Add Maintainer (#6575)
2017-12-05 14:27:56 -07:00
adios2
Add Maintainer (#6575)
2017-12-05 14:27:56 -07:00
adlbx
…
adol-c
…
albert
…
alglib
…
allinea-forge
…
allinea-reports
…
allpaths-lg
…
alquimia
…
alsa-lib
…
amg
…
amg2013
…
amp
…
ampliconnoise
…
amr-exp-parabolic
…
amrex
…
andi
…
angsd
…
ant
…
antlr
…
ape
…
apex
…
applewmproto
…
appres
…
apr
…
apr-util
…
archer
…
argtable
…
arlecore
…
armadillo
…
arpack-ng
…
ascent
updates to conduit and ascent packages (new PR) (#6584)
2017-12-08 13:43:12 -08:00
asciidoc
…
aspa
…
aspell
…
aspell6-de
…
aspell6-en
…
aspell6-es
…
assimp
…
astra
…
astral
…
astyle
…
atk
…
atlas
…
atompaw
…
atop
…
augustus
adding specific version url for augustus 3.3 due to old folder structure (#6813)
2018-01-02 19:24:28 -06:00
autoconf
…
autodock-vina
…
autogen
…
automaded
…
automake
…
bamtools
bamtools: Add version 2.5.1 (#6770)
2018-01-02 10:55:07 -08:00
bamutil
…
bash
…
bash-completion
…
bats
…
bazel
bazel: include SPACK_DEBUG_LOG_ID in environment (#6562)
2017-12-11 10:34:06 -08:00
bbcp
…
bbmap
…
bcftools
…
bcl2fastq2
…
bdftopcf
…
bdw-gc
…
bear
…
beast2
…
bedtools2
bedtools2: Add version 2.27.1 (#6693)
2017-12-16 19:36:35 -07:00
beforelight
…
benchmark
…
berkeley-db
…
bertini
…
bib2xhtml
…
bigreqsproto
…
binutils
…
bioawk
…
biopieces
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
bison
…
bitmap
…
blast-plus
…
blat
…
blaze
…
bliss
…
blitz
…
bml
…
bohrium
…
boost
new package: Percept (#6636)
2017-12-14 18:11:47 -08:00
boostmplcartesianproduct
…
bowtie
…
bowtie2
…
boxlib
…
bpp-core
…
bpp-phyl
…
bpp-seq
…
bpp-suite
…
braker
…
branson
…
breakdancer
added breakdancer (#6319)
2017-12-14 14:43:32 -07:00
breseq
breseq: Create new package (#6648)
2017-12-16 19:47:11 -07:00
brigand
…
bsseeker2
…
bucky
…
busco
…
butter
…
bwa
bwa: added version 0.7.16a and checksum (#6658)
2017-12-16 19:43:02 -07:00
byobu
…
bzip2
…
c-blosc
…
caffe
…
cairo
…
caliper
Caliper update, add version 1.6.0 (#6680)
2017-12-16 19:39:52 -07:00
callpath
…
candle-benchmarks
Candle benchmarks update (#6619)
2017-12-08 10:34:49 +01:00
cantera
…
canu
…
cap3
…
cares
…
cask
…
catch
…
cbench
…
cblas
…
cbtf
…
cbtf-argonavis
…
cbtf-argonavis-gui
…
cbtf-krell
…
cbtf-lanl
…
ccache
…
cctools
…
cdbfasta
…
cdd
…
cddlib
…
cdhit
…
cdo
Package 'cdo': get rid of unnecessary dependency on MPI C++ library. (#6632)
2017-12-16 19:48:56 -07:00
cereal
…
cfitsio
…
cgal
…
cgm
…
cgns
Update CGNS and add CGNS capability to Trilinos (#6568)
2017-12-05 14:33:36 -07:00
charm
…
check
…
chlorop
…
chombo
…
cityhash
…
clamr
…
cleaveland4
…
cleverleaf
…
clfft
…
clhep
…
cloc
…
cloog
…
cloverleaf
…
cloverleaf3d
…
clustalo
…
clustalw
…
cmake
…
cmocka
…
cmor
…
cnmem
…
cnpy
…
cns-nospec
…
cntk
…
cntk1bitsgd
…
codar-cheetah
…
coevp
…
cohmm
…
coinhsl
CoinHSL : Prevent CoinHSL from building in parallel (#6715)
2017-12-19 08:30:39 +01:00
comd
…
compiz
…
compositeproto
…
conduit
updates to conduit and ascent packages (new PR) (#6584)
2017-12-08 13:43:12 -08:00
constype
…
converge
…
coreutils
…
corset
…
cosmomc
…
cosp2
…
cp2k
…
cppad
…
cppcheck
…
cpprestsdk
…
cppunit
…
cppzmq
…
cram
…
cryptopp
…
cscope
…
csdp
…
cub
…
cube
…
cuda
CUDA: 9.1 (#6663)
2017-12-13 14:43:40 +01:00
cuda-memtest
Add Maintainer (#6575)
2017-12-05 14:27:56 -07:00
cudnn
…
cufflinks
…
cups
…
curl
…
cvs
…
czmq
…
dakota
…
daligner
…
damageproto
…
damselfly
…
darshan-runtime
…
darshan-util
…
dash
…
datamash
…
dataspaces
…
dbus
…
dealii
dealii: support 64bit BLAS (#6758)
2017-12-22 15:55:04 +01:00
dejagnu
…
delly2
…
denovogear
DeNovoGear: Create new package (#6699)
2017-12-16 19:34:53 -07:00
dia
…
dialign-tx
…
diamond
new package: DIAMOND (#6793)
2018-01-02 12:03:45 -08:00
direnv
…
discovar
…
dlpack
…
dmlc-core
…
dmxproto
…
docbook-xml
…
docbook-xsl
…
dos2unix
…
double-conversion
…
doxygen
…
dri2proto
…
dri3proto
…
dtcmp
…
dyninst
…
ea-utils
…
easybuild
…
ebms
…
eccodes
Update for 'eccodes'. (#6604)
2017-12-08 09:34:37 +01:00
ecp-proxy-apps
…
editres
…
eigen
…
elemental
…
elfutils
…
elk
…
elpa
…
emacs
Emacs: added gnutls variant (tested on Centos 7) (#6711)
2017-12-19 08:36:54 +01:00
emboss
…
encodings
…
environment-modules
…
es
…
esmf
Esmf fixes for Cray, OSX and mpich (#6768)
2018-01-02 19:43:55 -06:00
espresso
…
etsf-io
…
everytrace
…
everytrace-example
…
evieext
…
exabayes
…
exampm
…
exasp2
…
exmcutils
…
exodusii
…
exonerate
…
expat
…
expect
…
express
…
extrae
…
exuberant-ctags
…
f90cache
…
falcon
…
farmhash
…
fastjar
…
fastmath
…
fastme
…
fastphase
…
fastq-screen
…
fastqc
…
fastqvalidator
…
fasttree
Feature/fasttree (#6227)
2017-12-20 19:10:24 -08:00
fastx-toolkit
…
fenics
…
ferret
…
ffmpeg
…
fftw
fftw: added version 3.3.7 (#6678)
2017-12-14 21:38:33 +01:00
fimpute
…
findutils
…
fio
…
fish
Update fish to 2.7.0 (#6608)
2017-12-08 10:15:40 +01:00
fixesproto
…
flac
…
flang
clang,flang: update CC, CXX environment in installation module (#6737)
2017-12-22 07:32:10 +01:00
flann
…
flash
…
flecsale
…
flecsi
…
flex
…
flint
…
flit
…
fltk
…
flux
…
fmt
…
foam-extend
ENH: improved openfoam module creation (issue #4942)
2017-12-20 11:32:33 -08:00
folly
…
font-adobe-75dpi
…
font-adobe-100dpi
…
font-adobe-utopia-75dpi
…
font-adobe-utopia-100dpi
…
font-adobe-utopia-type1
…
font-alias
…
font-arabic-misc
…
font-bh-75dpi
…
font-bh-100dpi
…
font-bh-lucidatypewriter-75dpi
…
font-bh-lucidatypewriter-100dpi
…
font-bh-ttf
…
font-bh-type1
…
font-bitstream-75dpi
…
font-bitstream-100dpi
…
font-bitstream-speedo
…
font-bitstream-type1
…
font-cronyx-cyrillic
…
font-cursor-misc
…
font-daewoo-misc
…
font-dec-misc
…
font-ibm-type1
…
font-isas-misc
…
font-jis-misc
…
font-micro-misc
…
font-misc-cyrillic
…
font-misc-ethiopic
…
font-misc-meltho
…
font-misc-misc
…
font-mutt-misc
…
font-schumacher-misc
…
font-screen-cyrillic
…
font-sony-misc
…
font-sun-misc
…
font-util
…
font-winitzki-cyrillic
…
font-xfree86-type1
…
fontcacheproto
…
fontconfig
…
fontsproto
…
fonttosfnt
…
fpc
…
freebayes
…
freetype
…
fseq
…
fsl
…
fslsfonts
…
fstobdf
…
funhpc
…
gapbs
…
gapcloser
…
gapfiller
…
gasnet
…
gatk
new package: gatk (#6674)
2017-12-15 11:00:55 -08:00
gaussian
…
gawk
…
gblocks
…
gcc
…
gccmakedep
…
gccxml
…
gconf
…
gdal
…
gdb
Added GDB verison 8.0 (#6704)
2017-12-19 09:54:18 +01:00
gdbm
…
gdk-pixbuf
…
geant4
…
gearshifft
Add Maintainer (#6575)
2017-12-05 14:27:56 -07:00
gemmlowp
…
genemark-et
…
genometools
…
geos
…
gettext
…
gflags
…
ghostscript
…
ghostscript-fonts
…
giflib
…
git
git: Update to 2.15.1 (#6642)
2017-12-11 17:26:53 -07:00
git-lfs
…
gl2ps
…
glew
…
glib
…
glm
…
global
…
globalarrays
…
globus-toolkit
globus-toolkit: add version and openssl dependency (#6617)
2017-12-18 15:23:56 -08:00
glog
…
glpk
…
glproto
…
gmake
…
gmap-gsnap
gmap-gsnap: adding version 2014_12_28 (#6720)
2017-12-22 06:56:58 +01:00
gmime
…
gmp
…
gmsh
gmsh: add 3.0.6 (#6718)
2017-12-19 08:31:23 +01:00
gnat
…
gnu-prolog
…
gnupg
Update gnupg to 2.2.3 (#6573)
2017-12-05 14:29:20 -07:00
gnuplot
…
gnutls
…
go
…
go-bootstrap
…
gobject-introspection
…
googletest
…
gotcha
…
gource
…
gperf
…
gperftools
…
grackle
…
gradle
…
grandr
…
graphlib
…
graphmap
…
graphviz
…
grib-api
Update for 'grib-api'. (#6605)
2017-12-08 09:33:30 +01:00
groff
…
gromacs
…
gsl
…
gtkorvo-atl
…
gtkorvo-cercs-env
…
gtkorvo-dill
…
gtkorvo-enet
…
gtkplus
…
gts
…
guidance
…
guile
…
h5hut
…
h5part
…
h5utils
…
h5z-zfp
…
hacckernels
…
hadoop
Hadoop: Replace broken url (#6671)
2017-12-16 19:42:03 -07:00
hapcut2
…
haploview
…
harfbuzz
…
harminv
…
hdf
…
hdf5
Provide a patch to allow hdf5@1.10.1 to build with intel/18.0.1. (#6583)
2017-12-08 09:55:06 +01:00
hdf5-blosc
…
help2man
…
hepmc
…
heppdt
…
highfive
…
highwayhash
…
hisat2
…
hmmer
…
hoomd-blue
…
hpccg
…
hpctoolkit
…
hpctoolkit-externals
…
hpgmg
…
hpl
…
hpx
…
hpx5
…
hsakmt
…
hstr
…
htop
…
htslib
…
httpie
…
hub
…
hunspell
…
hwloc
…
hybpiper
…
hydra
…
hypre
hypre: add 2.13.0 (#6726)
2017-12-19 15:39:27 +01:00
ibmisc
…
iceauth
…
icedtea
…
icet
…
ico
…
icu4c
…
id3lib
…
idba
…
igraph
…
igv
IGV: new package (#6710)
2017-12-18 19:37:09 -08:00
ilmbase
…
image-magick
…
imake
…
impute2
…
infernal
…
inputproto
…
intel
…
intel-daal
…
intel-gpu-tools
…
intel-ipp
…
intel-mkl
…
intel-mpi
…
intel-parallel-studio
intel-parallel-studio: restrict patch to versions > 2016 (#6523)
2017-12-11 13:14:24 -08:00
intel-tbb
intel-tbb: add 2018.2 (#6725)
2017-12-19 15:39:42 +01:00
intltool
…
ior
…
iozone
…
ipopt
…
isaac
Add Maintainer (#6575)
2017-12-05 14:27:56 -07:00
isaac-server
Add Maintainer (#6575)
2017-12-05 14:27:56 -07:00
isl
…
itstool
…
itsx
…
jags
jags: lapack fix (#6764)
2018-01-02 19:57:54 -06:00
jansson
Add Maintainer (#6575)
2017-12-05 14:27:56 -07:00
jasper
…
jdk
…
jellyfish
…
jemalloc
…
jmol
…
jq
…
json-c
…
json-cwx
…
json-glib
…
jsoncpp
…
judy
…
julia
…
kahip
…
kaks-calculator
…
kaldi
…
kallisto
…
kbproto
…
kdiff3
…
kealib
…
kentutils
…
kmergenie
…
kokkos
…
kraken
…
krims
…
kripke
…
kvasir-mpl
…
laghos
laghos: inject CXX (#6664)
2017-12-12 17:26:02 -07:00
lammps
…
last
…
latte
…
launchmon
…
lazyten
…
lbann
Lbann update (#6751)
2018-01-02 20:01:23 -06:00
lbxproxy
…
lcals
…
lcms
…
ldc
…
ldc-bootstrap
…
legion
…
leveldb
…
lftp
lftp: adding version 4.6.4 (#6721)
2017-12-19 08:19:33 +01:00
libaec
…
libaio
Fix in download url for package libaio (#6616)
2017-12-08 10:20:14 -07:00
libapplewm
…
libarchive
…
libassuan
Update gnupg to 2.2.3 (#6573)
2017-12-05 14:29:20 -07:00
libatomic-ops
…
libbeagle
…
libbsd
…
libbson
…
libcanberra
…
libcap
…
libcerf
…
libcint
…
libcircle
…
libconfig
…
libctl
…
libdivsufsort
…
libdmx
…
libdrm
…
libdwarf
…
libedit
…
libelf
…
libemos
…
libepoxy
…
libevent
…
libevpath
…
libfabric
…
libffi
…
libffs
…
libfontenc
…
libfs
…
libgcrypt
Update gnupg to 2.2.3 (#6573)
2017-12-05 14:29:20 -07:00
libgd
…
libgit2
…
libgpg-error
…
libgpuarray
…
libgtextutils
…
libharu
libharu: Make dependencies on zlib and libpng explicit (#6682)
2017-12-14 08:58:42 +01:00
libhio
…
libice
…
libiconv
…
libint
…
libjpeg
…
libjpeg-turbo
…
libksba
…
liblbxutil
…
libmatheval
…
libmesh
…
libmng
…
libmongoc
…
libmonitor
…
libnbc
…
libogg
…
liboldx
…
libpcap
…
libpciaccess
…
libpfm4
…
libpipeline
…
libpng
…
libpsl
…
libpthread-stubs
…
libquo
…
libsigsegv
…
libsm
…
libsodium
libsodium: Update to 1.0.15 (#6643)
2017-12-11 17:27:09 -07:00
libspatialindex
…
libsplash
Add Maintainer (#6575)
2017-12-05 14:27:56 -07:00
libssh2
…
libsvm
…
libszip
Package 'libszip': update checksum and list_depth. (#6587)
2017-12-06 18:28:11 -07:00
libtermkey
…
libtiff
…
libtool
…
libunistring
…
libunwind
…
libuuid
…
libuv
…
libvorbis
…
libvterm
…
libwebsockets
Add Maintainer (#6575)
2017-12-05 14:27:56 -07:00
libwindowswm
…
libx11
…
libxau
…
libxaw
…
libxaw3d
…
libxc
…
libxcb
…
libxcomposite
…
libxcursor
…
libxdamage
…
libxdmcp
…
libxevie
…
libxext
…
libxfixes
…
libxfont
…
libxfont2
…
libxfontcache
…
libxft
…
libxi
…
libxinerama
…
libxkbfile
…
libxkbui
…
libxml2
…
libxmu
…
libxp
…
libxpm
…
libxpresent
…
libxprintapputil
…
libxprintutil
…
libxrandr
…
libxrender
…
libxres
…
libxscrnsaver
…
libxshmfence
…
libxslt
…
libxsmm
…
libxstream
…
libxt
…
libxtrap
…
libxtst
…
libxv
…
libxvmc
…
libxxf86dga
…
libxxf86misc
…
libxxf86vm
…
libyogrt
…
libzip
…
likwid
likwid: add stable 4.3.0 (#6761)
2018-01-02 19:59:14 -06:00
linkphase3
…
linux-headers
…
listres
…
llvm
clang,flang: update CC, CXX environment in installation module (#6737)
2017-12-22 07:32:10 +01:00
llvm-lld
…
llvm-openmp-ompt
…
lmdb
…
lmod
Relax restriction on lua version. (#5886)
2017-12-08 20:52:00 +01:00
lndir
…
log4cxx
…
lrslib
…
lrzip
…
lua
…
lua-bitlib
…
lua-jit
…
lua-lpeg
…
lua-luafilesystem
…
lua-luaposix
…
lua-mpack
…
luit
…
lulesh
…
lwgrp
…
lwm2
…
lz4
…
lzma
…
lzo
…
m4
…
macsio
…
mad-numdiff
…
mafft
…
magics
…
magma
…
makedepend
…
mallocmc
Add Maintainer (#6575)
2017-12-05 14:27:56 -07:00
man-db
…
mariadb
…
masa
…
masurca
…
matio
…
matlab
…
maven
…
maverick
…
mawk
…
mbedtls
…
mcl
…
mdtest
…
meep
…
mefit
mefit: Create new package. (#6700)
2017-12-16 19:34:30 -07:00
memaxes
…
meme
…
meraculous
…
mercurial
fix post install method for py3 in mercurial (#6497)
2017-12-17 12:00:58 -06:00
mesa
mesa: disable binutils on macOS (#6763)
2018-01-02 19:58:38 -06:00
mesa-glu
…
meshkit
…
meson
…
mesquite
…
metaphysicl
…
metasv
MetaSV: adding new package (#6691)
2017-12-16 19:36:11 -07:00
metis
…
mfem
…
microbiomeutil
…
minced
MinCED: Create new package (#6815)
2018-01-02 19:25:08 -06:00
miniaero
…
miniamr
…
miniconda2
…
miniconda3
…
minife
…
minighost
…
minigmg
…
minimap2
…
minimd
…
minisign
Add new package minisign (#6644)
2017-12-11 17:27:40 -07:00
minismac2d
…
minitri
…
minixyce
…
mira
…
mirdeep
…
mitofates
…
mitos
…
mkfontdir
…
mkfontscale
…
mlhka
…
moab
…
molcas
…
mono
…
mosh
…
mothur
…
motioncor2
…
mozjs
…
mpc
…
mpe2
…
mpest
…
mpfr
…
mpibash
…
mpiblast
…
mpich
…
mpifileutils
…
mpileaks
…
mpip
…
mpir
…
mpix-launch-swift
…
mrbayes
mrbayes: url now points to github + removed the deprecated sourceforge url (#6578)
2017-12-06 07:58:08 +01:00
mrnet
…
mrtrix3
…
msgpack-c
…
mshadow
…
multitail
…
multiverso
…
mummer
…
mumps
…
munge
…
muparser
…
muscle
…
muse
…
muster
…
mvapich2
…
mxml
…
mxnet
…
nag
…
nalu
Adding option to build Nalu with Hypre support. (#6782)
2018-01-02 19:42:47 -06:00
namd
…
nano
…
nanoflann
…
nasm
…
nauty
…
ncbi-rmblastn
…
nccl
…
nccmp
…
ncdu
…
ncftp
…
ncl
…
nco
…
ncurses
Emacs: added gnutls variant (tested on Centos 7) (#6711)
2017-12-19 08:36:54 +01:00
ncview
…
ndiff
…
nekbone
Update the Nekbone package (#6508)
2017-12-08 10:29:58 -07:00
nekcem
Add NekCEM package to spack (#6509)
2017-12-08 10:30:42 -07:00
neovim
Fix reference to self.versions in neovim package (#6639)
2017-12-10 21:43:49 +01:00
netcdf
…
netcdf-cxx
…
netcdf-cxx4
…
netcdf-fortran
…
netgauge
…
netgen
…
netlib-lapack
build lapacke with tmg (#6654)
2017-12-16 19:43:46 -07:00
netlib-scalapack
…
nettle
…
nextflow
nextflow: adding version 0.21.0 (#6722)
2017-12-19 09:07:33 +01:00
nfft
…
nghttp2
…
nginx
Updated 'nginx' from v1.12.0 to v1.13.8. (#6810)
2018-01-02 19:29:47 -06:00
ngmlr
…
ninja
…
ninja-fortran
…
nlopt
…
nmap
…
nnvm
…
node-js
…
notmuch
…
npb
…
npm
…
npth
Update gnupg to 2.2.3 (#6573)
2017-12-05 14:29:20 -07:00
nspr
…
numactl
…
numdiff
…
nut
…
nwchem
…
ocaml
…
oce
…
oclock
…
octave
…
octave-optim
octave: add optim and struct packages (#6733)
2017-12-20 13:27:50 +01:00
octave-splines
…
octave-struct
octave: add optim and struct packages (#6733)
2017-12-20 13:27:50 +01:00
octopus
…
of-adios-write
…
ompss
…
ompt-openmp
…
oniguruma
…
ont-albacore
…
opari2
…
openbabel
…
openblas
…
opencoarrays
…
opencv
…
openexr
…
openfast
Update openfast package to explicity pass MPI implementation during cmake configure. (#6590)
2017-12-08 09:09:35 +01:00
openfoam-com
ENH: better handling of mpich for openfoam packages
2017-12-20 11:32:33 -08:00
openfoam-org
ENH: improved openfoam module creation (issue #4942)
2017-12-20 11:32:33 -08:00
openfst
…
openjpeg
Package 'openjpeg': set INSTALL_NAME_DIR on MacOS for old versions. (#6603)
2017-12-08 13:36:20 +01:00
openmc
…
openmpi
…
opennurbs
Add opennurbs package (#6570)
2017-12-05 10:33:55 -07:00
openscenegraph
…
openspeedshop
…
openssh
Update openSSH to 7.6p1 (#6598)
2017-12-08 10:13:41 -07:00
openssl
openssl: Update to 1.0.2n (#6641)
2017-12-11 17:26:37 -07:00
opium
…
opus
…
orfm
…
orthomcl
…
osu-micro-benchmarks
…
otf
…
otf2
…
p4est
…
p7zip
…
pacbio-daligner
…
pacbio-damasker
…
pacbio-dazz-db
…
pacbio-dextractor
…
pagit
…
pagmo
…
paml
…
panda
…
pandaseq
PANDAseq: Create new package (#6694)
2017-12-16 19:35:48 -07:00
pango
…
papi
…
paradiseo
…
parallel
…
parallel-netcdf
…
paraver
…
paraview
paraview package: Explicitly specify MPI compilers in Cmake (#6738)
2018-01-02 13:06:25 -08:00
parmetis
…
parmgridgen
…
parsimonator
…
parsplice
…
partitionfinder
…
patch
…
patchelf
…
pathfinder
…
pax-utils
…
pbmpi
…
pcma
…
pcre
…
pcre2
…
pdsh
…
pdt
…
pegtl
…
pennant
…
percept
new package: Percept (#6636)
2017-12-14 18:11:47 -08:00
perl
…
perl-algorithm-diff
…
perl-b-hooks-endofscope
…
perl-bio-perl
…
perl-bit-vector
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-capture-tiny
…
perl-carp-clan
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-class-data-inheritable
…
perl-class-inspector
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-class-load
…
perl-class-load-xs
…
perl-cpan-meta-check
…
perl-data-optlist
…
perl-data-stag
…
perl-dbd-mysql
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-dbfile
…
perl-dbi
…
perl-devel-cycle
…
perl-devel-globaldestruction
…
perl-devel-overloadinfo
…
perl-devel-stacktrace
…
perl-dist-checkconflicts
…
perl-encode-locale
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-eval-closure
…
perl-exception-class
…
perl-extutils-makemaker
…
perl-extutils-pkgconfig
…
perl-file-copy-recursive
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-file-listing
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-file-pushd
…
perl-file-sharedir-install
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-file-slurp-tiny
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-file-which
create perl-file-which package (#6800)
2018-01-02 19:36:59 -06:00
perl-font-ttf
…
perl-gd
…
perl-gd-graph
…
perl-gd-text
…
perl-html-parser
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-html-tagset
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-http-cookies
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-http-daemon
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-http-date
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-http-message
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-http-negotiate
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-inline
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-inline-c
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-intervaltree
…
perl-io-html
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-io-sessiondata
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-io-socket-ssl
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-io-string
…
perl-log-log4perl
…
perl-lwp
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-lwp-mediatypes
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-lwp-protocol-https
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-math-cdf
…
perl-module-build
…
perl-module-runtime-conflicts
…
perl-moose
…
perl-mozilla-ca
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-mro-compat
…
perl-namespace-clean
…
perl-net-http
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-net-ssleay
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-package-deprecationmanager
…
perl-package-stash
…
perl-package-stash-xs
…
perl-padwalker
…
perl-params-util
…
perl-parse-recdescent
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-pdf-api2
…
perl-pegex
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-soap-lite
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-star-fusion
…
perl-statistics-descriptive
Perl-statistics-descriptive: Create new package (#6588)
2017-12-08 10:22:16 -07:00
perl-sub-exporter
…
perl-sub-exporter-progressive
…
perl-sub-identify
…
perl-sub-install
…
perl-sub-name
…
perl-sub-uplevel
…
perl-svg
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-task-weaken
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-term-readkey
…
perl-test-cleannamespaces
…
perl-test-deep
…
perl-test-differences
…
perl-test-exception
…
perl-test-fatal
…
perl-test-memory-cycle
…
perl-test-most
…
perl-test-needs
…
perl-test-requires
…
perl-test-requiresinternet
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-test-warn
…
perl-test-warnings
…
perl-text-diff
…
perl-time-hires
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-try-tiny
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-uri
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-uri-escape
…
perl-version
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-www-robotrules
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-xml-libxml
perl-xml-libxml: adding perl module (#6783)
2018-01-02 19:42:09 -06:00
perl-xml-parser
…
perl-xml-parser-lite
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
perl-yaml-libyaml
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
petsc
Add petsc version 3.8.3 (#6688)
2017-12-16 19:37:35 -07:00
pexsi
…
pfft
…
pflotran
…
pfunit
new package: Pfunit: unit testing framework for Fortran (#6795)
2018-01-02 12:18:08 -08:00
pgdspider
…
pgi
…
phantompeakqualtools
…
phasta
…
phylip
…
picard
picard: Add version 2.17.0 (#6729)
2017-12-20 13:28:37 +01:00
pidx
…
pigz
…
piranha
…
pixman
…
pkg-config
…
pkgconf
…
planck-likelihood
…
plasma
…
plink
…
plumed
…
pmgr-collective
…
pmix
…
pnfft
…
pngwriter
Add Maintainer (#6575)
2017-12-05 14:27:56 -07:00
poamsa
…
pocl
…
polymake
…
porta
…
portage
…
postgresql
…
ppl
…
prank
…
presentproto
…
preseq
…
price
…
primer3
…
printproto
…
probconsrna
…
proj
…
protobuf
…
proxymngr
…
pruners-ninja
…
ps-lite
…
psi4
…
pstreams
…
pugixml
…
pumi
…
pvm
…
py-3to2
…
py-4suite-xml
…
py-abipy
…
py-alabaster
…
py-apache-libcloud
…
py-apipkg
…
py-appdirs
…
py-appnope
…
py-apscheduler
…
py-argcomplete
…
py-argparse
…
py-ase
…
py-asn1crypto
…
py-astroid
…
py-astropy
Fix AstroPy: Missing Markupsafe (#6630)
2017-12-08 10:21:46 -07:00
py-attrs
…
py-autopep8
…
py-babel
…
py-backports-abc
…
py-backports-functools-lru-cache
…
py-backports-shutil-get-terminal-size
…
py-backports-ssl-match-hostname
…
py-basemap
…
py-beautifulsoup4
…
py-binwalk
…
py-biom-format
…
py-biopython
package py-biopython: remove py-mx dependency (#6772)
2018-01-02 10:59:21 -08:00
py-bleach
…
py-blessings
…
py-bokeh
…
py-boltons
…
py-bottleneck
…
py-brian
…
py-brian2
…
py-bsddb3
…
py-bx-python
py-bx-python: Create new package (#6672)
2017-12-16 19:38:59 -07:00
py-cclib
…
py-cdat-lite
…
py-cdo
…
py-certifi
…
py-cffi
…
py-chardet
…
py-click
…
py-cogent
py-cogent: Create new package (#6624)
2017-12-08 10:38:37 +01:00
py-colorama
…
py-colormath
…
py-configparser
…
py-counter
…
py-coverage
…
py-cpuinfo
…
py-cryptography
…
py-csvkit
…
py-current
…
py-cutadapt
…
py-cycler
…
py-cython
…
py-dask
…
py-dateutil
…
py-dbf
…
py-decorator
…
py-deeptools
…
py-dendropy
…
py-dev
…
py-dill
…
py-dlcpar
…
py-docutils
…
py-doxypy
…
py-doxypypy
…
py-dryscrape
…
py-dxchange
…
py-dxfile
…
py-easybuild-easyblocks
…
py-easybuild-easyconfigs
…
py-easybuild-framework
…
py-edffile
…
py-editdistance
…
py-elasticsearch
…
py-elephant
…
py-emcee
…
py-entrypoints
…
py-enum34
…
py-epydoc
…
py-espresso
…
py-espressopp
…
py-et-xmlfile
…
py-execnet
…
py-fastaindex
…
py-fasteners
…
py-faststructure
…
py-fiscalyear
…
py-flake8
add restriction to py-setuptools dependency on py-flake8 (#6589)
2017-12-08 10:22:52 -07:00
py-flask
…
py-flexx
…
py-funcsigs
…
py-functools32
…
py-future
…
py-futures
…
py-genders
…
py-genshi
…
py-git2
…
py-git-review
…
py-gnuplot
…
py-griddataformats
…
py-guidata
…
py-guiqwt
…
py-h5py
Py h5py update (#6635)
2017-12-11 17:26:13 -07:00
py-html2text
…
py-html5lib
…
py-htseq
py-htseq: Create new package. (#6623)
2017-12-08 10:36:57 +01:00
py-httpbin
…
py-hypothesis
…
py-idna
…
py-igraph
…
py-imagesize
…
py-iminuit
…
py-importlib
…
py-ipaddress
…
py-ipdb
…
py-ipykernel
…
py-ipython
…
py-ipython-genutils
…
py-ipywidgets
…
py-isort
…
py-itsdangerous
…
py-jdcal
…
py-jedi
…
py-jinja2
…
py-joblib
…
py-jpype
…
py-jsonschema
…
py-junit-xml
…
py-jupyter-client
…
py-jupyter-console
…
py-jupyter-core
…
py-jupyter-notebook
…
py-keras
…
py-latexcodec
…
py-lazy
…
py-lazy-object-proxy
…
py-lazyarray
…
py-libconf
…
py-libensemble
…
py-line-profiler
…
py-linecache2
…
py-lit
…
py-llvmlite
…
py-lmfit
…
py-lockfile
…
py-logilab-common
…
py-lxml
…
py-lzstring
…
py-macholib
…
py-machotools
…
py-macs2
…
py-mako
…
py-mappy
…
py-markdown
…
py-markupsafe
…
py-matplotlib
…
py-mccabe
…
py-mdanalysis
…
py-meep
…
py-memory-profiler
…
py-methylcode
…
py-misopy
…
py-mistune
…
py-mock
…
py-moltemplate
moltemplate: add new package (#6702)
2017-12-16 19:33:28 -07:00
py-mongo
…
py-monotonic
…
py-monty
…
py-mpi4py
Cython only needed for develop version of mpi4py (#6780)
2018-01-02 11:34:24 -08:00
py-mpmath
…
py-multiprocess
…
py-multiqc
…
py-mx
…
py-mxnet
…
py-myhdl
…
py-mysqldb1
…
py-nbconvert
…
py-nbformat
…
py-neo
…
py-nestle
…
py-netcdf4
…
py-netifaces
…
py-networkx
…
py-nose
…
py-nosexcover
…
py-numba
…
py-numexpr
…
py-numpy
…
py-numpydoc
…
py-olefile
…
py-ont-fast5-api
…
py-openpyxl
…
py-ordereddict
…
py-oset
…
py-packaging
…
py-palettable
…
py-pandas
py-pandas: add versions 0.19.2 and 0.21.1 (#6687)
2017-12-16 19:38:02 -07:00
py-paramiko
…
py-pathlib2
…
py-pathos
…
py-pathspec
…
py-patsy
…
py-pbr
…
py-periodictable
…
py-petsc4py
…
py-pexpect
…
py-phonopy
…
py-pickleshare
…
py-pil
…
py-pillow
…
py-pip
…
py-pipits
…
py-pkgconfig
…
py-plotly
Add: Py-Plotly (#6628)
2017-12-08 10:21:28 -07:00
py-ply
…
py-pmw
…
py-pox
…
py-ppft
…
py-prettytable
…
py-proj
…
py-prompt-toolkit
…
py-protobuf
…
py-psutil
…
py-ptyprocess
…
py-pudb
…
py-py
…
py-py2bit
…
py-py2cairo
…
py-py2neo
…
py-py4j
…
py-pyani
py-pyani: Create new package (#6811)
2018-01-02 19:27:42 -06:00
py-pyasn1
…
py-pybigwig
…
py-pybind11
…
py-pybtex
…
py-pybtex-docutils
…
py-pychecker
…
py-pycodestyle
…
py-pycparser
…
py-pycrypto
…
py-pycurl
…
py-pydatalog
…
py-pydispatcher
…
py-pydot
…
py-pyelftools
…
py-pyfasta
…
py-pyfftw
…
py-pyflakes
…
py-pygments
…
py-pygobject
…
py-pygtk
…
py-pylint
…
py-pymatgen
…
py-pyminifier
…
py-pympler
…
py-pynn
…
py-pypar
…
py-pyparsing
…
py-pypeflow
…
py-pyprof2html
…
py-pyqt
…
py-pyrad
…
py-pysam
py-pysam: adding old version 0.7.7 (#6675)
2017-12-13 09:01:45 +01:00
py-pyscaf
…
py-pyserial
…
py-pyside
…
py-pysocks
…
py-pytables
…
py-pytest
…
py-pytest-cov
…
py-pytest-flake8
…
py-pytest-httpbin
…
py-pytest-mock
…
py-pytest-runner
…
py-pytest-xdist
…
py-python-daemon
…
py-python-gitlab
…
py-pythonqwt
…
py-pytz
Add: Py-Plotly (#6628)
2017-12-08 10:21:28 -07:00
py-pywavelets
…
py-pyyaml
…
py-qtawesome
…
py-qtconsole
…
py-qtpy
…
py-quantities
…
py-radical-utils
…
py-ranger
…
py-readme-renderer
…
py-regex
…
py-reportlab
py-reportlab: Create new package (#6612)
2017-12-08 10:22:46 +01:00
py-requests
Add: Py-Plotly (#6628)
2017-12-08 10:21:28 -07:00
py-restview
…
py-rope
…
py-rpy2
…
py-rsa
…
py-rseqc
new package: py-rseqc (#6773)
2018-01-02 11:10:55 -08:00
py-rtree
…
py-saga-python
…
py-scientificpython
…
py-scikit-image
…
py-scikit-learn
…
py-scipy
…
py-seaborn
…
py-setuptools
…
py-setuptools-scm
…
py-sfepy
…
py-sh
…
py-shiboken
…
py-simplegeneric
…
py-simplejson
…
py-singledispatch
…
py-sip
…
py-six
Add: Py-Plotly (#6628)
2017-12-08 10:21:28 -07:00
py-slepc4py
…
py-sncosmo
…
py-snowballstemmer
…
py-spectra
…
py-spefile
…
py-spglib
…
py-sphinx
…
py-sphinx-bootstrap-theme
…
py-sphinx-rtd-theme
…
py-sphinxcontrib-bibtex
…
py-sphinxcontrib-programoutput
…
py-sphinxcontrib-websupport
…
py-spyder
…
py-spykeutils
…
py-sqlalchemy
…
py-statsmodels
…
py-storm
…
py-subprocess32
…
py-symengine
…
py-symfit
…
py-sympy
…
py-tabulate
…
py-tappy
…
py-terminado
…
py-tetoolkit
py-tetoolkit: Create new package (#6673)
2017-12-16 19:38:36 -07:00
py-theano
…
py-tifffile
…
py-toml
…
py-tomopy
…
py-tornado
…
py-tqdm
…
py-traceback2
…
py-traitlets
…
py-tuiview
…
py-twisted
…
py-typing
…
py-tzlocal
…
py-unittest2
…
py-unittest2py3k
…
py-urllib3
…
py-urwid
…
py-vcversioner
…
py-virtualenv
…
py-vsc-base
…
py-vsc-install
…
py-wcsaxes
…
py-wcwidth
…
py-webkit-server
…
py-werkzeug
…
py-wheel
…
py-widgetsnbextension
…
py-wrapt
…
py-xarray
…
py-xlrd
…
py-xlsxwriter
…
py-xmlrunner
…
py-xopen
…
py-xpyb
…
py-xvfbwrapper
…
py-yapf
…
py-yt
…
py-zmq
…
python
…
qbank
…
qbox
…
qhull
…
qmcpack
QMCPACK package: update blas/lapack detection (#6753)
2017-12-22 16:47:49 -08:00
qmd-progress
…
qrupdate
qrupdate: fix blas/lapack and compilation of macOS (#6614)
2017-12-08 10:24:44 +01:00
qt
…
qt-creator
…
qtgraph
…
qthreads
…
quinoa
…
qwt
…
r
…
r-a4
…
r-a4base
…
r-a4classif
…
r-a4core
…
r-a4preproc
…
r-a4reporting
…
r-abadata
…
r-abaenrichment
…
r-abind
…
r-absseq
…
r-acde
…
r-acepack
…
r-acgh
…
r-acme
…
r-ada
…
r-adabag
…
r-ade4
…
r-adegenet
…
r-adsplit
…
r-affxparser
…
r-affy
…
r-affycomp
…
r-affycompatible
…
r-affycontam
…
r-affycoretools
…
r-affydata
…
r-affyexpress
…
r-affyilm
…
r-affyio
…
r-affypdnn
…
r-affyplm
…
r-affyqcreport
…
r-affyrnadegradation
…
r-agdex
…
r-agilp
…
r-agimicrorna
…
r-aims
…
r-aldex2
…
r-allelicimbalance
…
r-alpine
…
r-als
…
r-alsace
…
r-altcdfenvs
…
r-ampliqueso
…
r-analysispageserver
…
r-anaquin
…
r-aneufinder
…
r-aneufinderdata
…
r-annaffy
…
r-annotate
…
r-annotationdbi
…
r-annotationfilter
…
r-annotationforge
…
r-annotationhub
…
r-ape
…
r-assertthat
…
r-backports
…
r-bamsignals
…
r-base64
…
r-base64enc
…
r-beanplot
…
r-bh
…
r-bindr
…
r-bindrcpp
…
r-biobase
…
r-biocgenerics
…
r-biocinstaller
…
r-biocparallel
…
r-biomart
…
r-biomformat
…
r-biostrings
…
r-biovizbase
…
r-bit
…
r-bit64
…
r-bitops
…
r-blob
…
r-boot
…
r-brew
…
r-broom
…
r-bsgenome
…
r-bumphunter
…
r-c50
…
r-callr
…
r-car
…
r-caret
…
r-category
…
r-catools
…
r-cellranger
…
r-checkmate
…
r-checkpoint
…
r-chemometrics
…
r-chron
…
r-circlize
…
r-class
…
r-classint
…
r-cli
…
r-clipr
…
r-cluster
…
r-clusterprofiler
…
r-coda
…
r-codetools
…
r-coin
…
r-colorspace
…
r-complexheatmap
…
r-corpcor
…
r-corrplot
…
r-covr
…
r-cowplot
…
r-crayon
…
r-crosstalk
…
r-cubature
…
r-cubist
…
r-curl
…
r-data-table
…
r-dbi
…
r-dbplyr
…
r-delayedarray
…
r-deldir
…
r-dendextend
…
r-deoptim
…
r-deoptimr
…
r-deseq
…
r-deseq2
…
r-desolve
…
r-devtools
…
r-diagrammer
…
r-dichromat
…
r-diffusionmap
…
r-digest
…
r-diptest
…
r-dnacopy
…
r-do-db
…
r-domc
…
r-doparallel
…
r-dorng
…
r-dose
…
r-downloader
…
r-dplyr
…
r-dt
…
r-dtw
…
r-dygraphs
…
r-e1071
…
r-edger
…
r-ellipse
…
r-ensembldb
…
r-ergm
…
r-evaluate
…
r-expm
…
r-factoextra
…
r-factominer
…
r-ff
…
r-fftwtools
…
r-fgsea
…
r-filehash
…
r-flashclust
…
r-flexmix
…
r-fnn
…
r-forcats
…
r-foreach
…
r-forecast
…
r-foreign
…
r-formatr
…
r-formula
…
r-fpc
…
r-fracdiff
…
r-futile-logger
…
r-futile-options
…
r-gbm
…
r-gcrma
…
r-gdata
…
r-geiger
…
r-genefilter
…
r-geneplotter
…
r-genomeinfodb
…
r-genomeinfodbdata
…
r-genomicalignments
…
r-genomicfeatures
…
r-genomicranges
…
r-geomorph
…
r-geoquery
…
r-geosphere
…
r-getoptlong
…
r-ggally
…
r-ggbio
…
r-ggdendro
…
r-ggjoy
…
r-ggmap
…
r-ggplot2
…
r-ggpubr
…
r-ggrepel
…
r-ggridges
…
r-ggsci
…
r-ggvis
…
r-gistr
…
r-git2r
…
r-glmnet
…
r-globaloptions
…
r-glue
…
r-gmodels
…
r-gmp
…
r-go-db
…
r-googlevis
…
r-gosemsim
…
r-gostats
…
r-gplots
…
r-graph
…
r-gridbase
…
r-gridextra
…
r-gseabase
…
r-gsubfn
…
r-gtable
…
r-gtools
…
r-gtrellis
…
r-gviz
…
r-haven
…
r-hexbin
…
r-highr
…
r-hmisc
…
r-hms
…
r-htmltable
…
r-htmltools
…
r-htmlwidgets
…
r-httpuv
…
r-httr
…
r-hwriter
…
r-hypergraph
…
r-ica
…
r-igraph
…
r-illuminaio
…
r-impute
…
r-influencer
…
r-inline
…
r-interactivedisplaybase
…
r-ipred
…
r-iranges
…
r-irdisplay
…
r-irkernel
…
r-irlba
…
r-iso
…
r-iterators
…
r-janitor
…
r-jpeg
…
r-jsonlite
…
r-kegg-db
…
r-kegggraph
r-kegggraph: Create new package. (#6580)
2017-12-06 18:29:22 -07:00
r-keggrest
…
r-kernlab
…
r-kernsmooth
…
r-kknn
…
r-knitr
…
r-labeling
…
r-lambda-r
…
r-laplacesdemon
…
r-lars
…
r-lattice
…
r-latticeextra
…
r-lava
…
r-lazyeval
…
r-leaflet
…
r-leaps
…
r-learnbayes
…
r-limma
…
r-lme4
…
r-lmtest
…
r-locfit
…
r-log4r
…
r-lpsolve
…
r-lsei
…
r-lubridate
…
r-magic
…
r-magrittr
…
r-makecdfenv
…
r-maldiquant
…
r-mapproj
…
r-maps
…
r-maptools
…
r-markdown
…
r-mass
…
r-matrix
…
r-matrixmodels
…
r-matrixstats
…
r-mclust
…
r-mcmcglmm
…
r-mda
…
r-memoise
…
r-mergemaid
…
r-methodss3
…
r-mgcv
…
r-mime
…
r-minfi
…
r-minqa
…
r-mixtools
…
r-mlbench
…
r-mlinterfaces
…
r-mnormt
…
r-modelmetrics
…
r-modelr
…
r-modeltools
…
r-mpm
…
r-msnbase
…
r-multcomp
…
r-multtest
…
r-munsell
…
r-mvtnorm
…
r-mzid
…
r-mzr
…
r-nanotime
…
r-ncbit
…
r-ncdf4
…
r-network
…
r-networkd3
…
r-nlme
…
r-nloptr
…
r-nmf
…
r-nnet
…
r-nnls
…
r-nor1mix
…
r-np
…
r-numderiv
…
r-oligoclasses
…
r-oo
…
r-openssl
…
r-org-hs-eg-db
r-org-hs-eg-db: Create new package. (#6581)
2017-12-06 18:29:04 -07:00
r-organismdbi
…
r-packrat
…
r-pacman
…
r-pamr
…
r-party
…
r-partykit
…
r-pathview
r-pathview: Create new package. (#6582)
2017-12-06 18:29:45 -07:00
r-pbapply
…
r-pbdzmq
…
r-pbkrtest
…
r-pcamethods
…
r-pcapp
…
r-permute
…
r-pfam-db
…
r-phantompeakqualtools
…
r-phyloseq
…
r-pkgconfig
…
r-pkgmaker
…
r-plogr
…
r-plotly
…
r-plotrix
…
r-pls
…
r-plyr
…
r-pmcmr
…
r-png
…
r-prabclus
…
r-praise
…
r-preprocesscore
…
r-prettyunits
…
r-prodlim
…
r-progress
…
r-protgenerics
…
r-proto
…
r-proxy
…
r-pryr
…
r-psych
…
r-ptw
…
r-purrr
…
r-quadprog
…
r-quantmod
…
r-quantreg
…
r-quantro
…
r-qvalue
…
r-r6
…
r-randomforest
…
r-ranger
…
r-raster
…
r-rbgl
…
r-rbokeh
…
r-rcolorbrewer
…
r-rcpp
…
r-rcpparmadillo
…
r-rcppcctz
…
r-rcppeigen
…
r-rcppprogress
…
r-rcurl
package r-rcurl: boilerplate cleanup (#6771)
2018-01-02 10:58:03 -08:00
r-rda
…
r-readr
…
r-readxl
…
r-registry
…
r-rematch
…
r-reordercluster
…
r-reportingtools
…
r-repr
…
r-reprex
…
r-reshape
…
r-reshape2
…
r-rex
…
r-rgdal
r-rgdal: Create new package. (#6593)
2017-12-08 10:18:29 -07:00
r-rgl
…
r-rgooglemaps
…
r-rhdf5
…
r-rhtslib
r-rhtslib: added build dependency on autoconf (#6627)
2017-12-08 11:18:25 +01:00
r-rinside
…
r-rjava
…
r-rjson
…
r-rjsonio
…
r-rlang
…
r-rmarkdown
…
r-rminer
…
r-rmpfr
…
r-rmpi
…
r-rmysql
…
r-rngtools
…
r-robustbase
…
r-rocr
…
r-rodbc
…
r-roxygen2
…
r-rpart
…
r-rpart-plot
…
r-rpostgresql
…
r-rsamtools
…
r-rsnns
…
r-rsqlite
…
r-rstan
…
r-rstudioapi
…
r-rtracklayer
…
r-rtsne
…
r-rvcheck
…
r-rvest
…
r-rzmq
…
r-s4vectors
…
r-samr
…
r-sandwich
…
r-scales
…
r-scatterplot3d
…
r-sdmtools
…
r-segmented
…
r-selectr
…
r-seqinr
…
r-seurat
…
r-sfsmisc
…
r-shape
…
r-shiny
…
r-shortread
…
r-siggenes
…
r-simpleaffy
…
r-sn
…
r-snow
…
r-som
…
r-somaticsignatures
…
r-sourcetools
…
r-sp
…
r-sparsem
…
r-spdep
…
r-speedglm
…
r-sqldf
…
r-stanheaders
…
r-statmod
…
r-statnet-common
…
r-stringi
…
r-stringr
…
r-strucchange
…
r-subplex
…
r-summarizedexperiment
…
r-survey
…
r-survival
…
r-sva
…
r-tarifx
…
r-tclust
…
r-tensora
…
r-testit
…
r-testthat
…
r-th-data
…
r-threejs
…
r-tibble
…
r-tidycensus
r-tidycensus: Create new package. (#6595)
2017-12-08 10:18:45 -07:00
r-tidyr
…
r-tiff
…
r-tigris
r-tigris: Create new package. (#6591)
2017-12-08 10:18:11 -07:00
r-timedate
…
r-topgo
…
r-trimcluster
…
r-trust
…
r-tseries
…
r-tsne
…
r-ttr
…
r-udunits2
…
r-units
…
r-utils
…
r-uuid
…
r-variantannotation
…
r-varselrf
…
r-vcd
…
r-vegan
…
r-vgam
…
r-viridis
…
r-viridislite
…
r-visnetwork
…
r-vsn
…
r-whisker
…
r-withr
…
r-xde
…
r-xgboost
…
r-xlconnect
…
r-xlconnectjars
…
r-xlsx
…
r-xlsxjars
…
r-xmapbridge
…
r-xml
…
r-xml2
…
r-xtable
…
r-xts
…
r-xvector
…
r-yaml
…
r-yapsa
…
r-yaqcaffy
…
r-yarn
…
r-zlibbioc
…
r-zoo
…
raft
…
raja
…
randfold
…
random123
…
randrproto
…
ravel
…
raxml
…
ray
…
rdp-classifier
…
readline
…
recordproto
…
redundans
…
relion
relion - added new stable version 2.1 (#6706)
2017-12-18 10:38:20 -08:00
rempi
…
rename
…
rendercheck
…
renderproto
…
repeatmasker
…
resourceproto
…
revbayes
…
rgb
…
rhash
…
rlwrap
…
rmlab
Add: lines-are-beautiful (#6784)
2017-12-30 12:29:27 -08:00
rockstar
…
root
…
rose
…
rr
…
rsbench
…
rsem
…
rstart
…
rsync
…
rtags
…
rtax
…
ruby
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
ruby-gnuplot
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
ruby-narray
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
ruby-rubyinline
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
ruby-terminal-table
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
rust
…
rust-bindgen
…
sabre
…
salmon
…
sambamba
…
samrai
…
samtools
…
sandbox
…
sas
…
satsuma2
…
savanna
…
saws
…
sbt
…
scala
…
scalasca
…
scalpel
…
scan-for-matches
new packages: biopieces and dependencies (#6478)
2017-12-12 18:35:13 -08:00
scons
…
scorec-core
…
scorep
…
scotch
…
scr
…
screen
…
scripts
…
scrnsaverproto
…
sctk
…
sdl2
…
sdl2-image
…
sed
…
seqprep
…
seqtk
…
serf
…
sessreg
…
setxkbmap
…
sga
…
shapeit
…
shared-mime-info
…
shiny-server
…
shortstack
…
showfont
…
sickle
…
siesta
…
signalp
…
signify
Add new package signify (#6645)
2017-12-16 19:47:59 -07:00
silo
…
simplemoc
…
simul
…
simulationio
…
singularity
…
slepc
slepc: add 3.8.2 (#6724)
2017-12-19 15:40:30 +01:00
slurm
…
smalt
…
smc
…
smproxy
…
snakemake
…
snap
…
snap-berkeley
…
snap-korf
…
snappy
…
snbone
…
sniffles
…
snptest
…
soap2
…
soapindel
…
soapsnp
…
somatic-sniper
…
sortmerna
…
sosflow
…
sowing
…
sox
…
spades
SPAdes: add version 3.11.1 (#6668)
2017-12-13 08:57:29 +01:00
spark
…
sparsehash
…
sparta
…
spdlog
…
spectrum-mpi
…
speex
…
sph2pipe
…
spherepack
…
spindle
…
spot
…
sqlite
sqlite package: apply B0 patch to additional versions (#6728)
2017-12-19 11:06:39 -08:00
squid
…
sra-toolkit
…
sspace-longread
…
sspace-standard
…
sst-dumpi
…
sst-macro
…
stacks
…
staden-io-lib
…
star
…
star-ccm-plus
…
stat
…
stc
…
stream
…
strelka
…
stress
…
stringtie
…
structure
…
sublime-text
…
subread
subread: Add version 1.6.0 (#6615)
2017-12-08 10:26:18 +01:00
subversion
…
suite-sparse
suite-sparse: add 5.1.0 (#6727)
2017-12-19 15:39:12 +01:00
sumaclust
…
sundials
…
superlu
…
superlu-dist
…
superlu-mt
…
sw4lite
…
swarm
…
swfft
swfft: inject CC/CXX (#6666)
2017-12-12 17:25:48 -07:00
swiftsim
…
swig
…
symengine
…
sympol
…
sz
…
tabix
…
talloc
…
tantan
new package: tantan (#6792)
2018-01-02 12:00:13 -08:00
tar
…
targetp
…
task
…
taskd
…
tasmanian
tasmanian: add new package (#6659)
2017-12-13 16:01:51 +01:00
tassel
…
tau
…
tcl
…
tcoffee
…
tcsh
…
tealeaf
…
tetgen
…
tethex
…
texinfo
…
texlive
…
the-platinum-searcher
…
the-silver-searcher
…
thrift
…
thrust
…
tig
…
tinyxml
…
tinyxml2
…
tioga
Tioga package: Explicitly list MPI compilers for Cmake (#6741)
2018-01-02 13:14:22 -08:00
tk
…
tmalign
…
tmhmm
…
tmux
Update tmux to 2.6 (#6597)
2017-12-08 10:13:22 -07:00
tmuxinator
…
tophat
…
tppred
…
transabyss
…
transdecoder
…
transposome
…
transset
…
trapproto
…
tree
…
trf
…
triangle
…
trilinos
Update CGNS and add CGNS capability to Trilinos (#6568)
2017-12-05 14:33:36 -07:00
trimgalore
…
trimmomatic
…
turbine
…
turbomole
…
tut
…
twm
…
tycho2
…
typhonio
…
uberftp
…
ucx
…
udunits2
…
ufo-core
…
ufo-filters
…
uncrustify
…
unibilium
…
unison
…
units
…
unixodbc
…
usearch
…
util-linux
…
util-macros
…
uuid
…
valgrind
…
vampirtrace
…
vardictjava
…
varscan
…
vc
…
vcftools
…
vcsh
…
vdt
…
vecgeom
…
veclibfort
…
vegas2
…
velvet
…
videoproto
…
viennarna
…
viewres
…
vim
Update vim to 8.0.1376 (#6599)
2017-12-08 10:29:50 +01:00
virtualgl
…
visit
…
vizglow
…
vmatch
…
voropp
…
votca-csg
…
votca-ctp
…
votca-moo
…
votca-tools
…
votca-xtp
…
vpfft
…
vpic
…
vsearch
…
vtk
…
vtkh
updates to conduit and ascent packages (new PR) (#6584)
2017-12-08 13:43:12 -08:00
vtkm
…
wannier90
…
wget
…
windowswmproto
…
wt
…
wx
wxWidgets: Fix builds (#6560)
2017-12-07 08:33:08 +01:00
wxpropgrid
…
x11perf
…
xapian-core
…
xauth
…
xbacklight
…
xbiff
…
xbitmaps
…
xcalc
…
xcb-demo
…
xcb-proto
…
xcb-util
…
xcb-util-cursor
…
xcb-util-errors
…
xcb-util-image
…
xcb-util-keysyms
…
xcb-util-renderutil
…
xcb-util-wm
…
xclip
…
xclipboard
…
xclock
…
xcmiscproto
…
xcmsdb
…
xcompmgr
…
xconsole
…
xcursor-themes
…
xcursorgen
…
xdbedizzy
…
xditview
…
xdm
…
xdpyinfo
…
xdriinfo
…
xedit
…
xerces-c
…
xev
…
xextproto
…
xeyes
…
xf86bigfontproto
…
xf86dga
…
xf86dgaproto
…
xf86driproto
…
xf86miscproto
…
xf86rushproto
…
xf86vidmodeproto
…
xfd
…
xfindproxy
…
xfontsel
…
xfs
…
xfsinfo
…
xfwp
…
xgamma
…
xgc
…
xhost
…
xineramaproto
…
xinit
…
xinput
…
xkbcomp
…
xkbdata
…
xkbevd
…
xkbprint
…
xkbutils
…
xkeyboard-config
…
xkill
…
xload
…
xlogo
…
xlsatoms
…
xlsclients
…
xlsfonts
…
xmag
…
xman
…
xmessage
…
xmh
…
xmlto
…
xmodmap
…
xmore
…
xorg-cf-files
…
xorg-docs
…
xorg-gtest
…
xorg-server
…
xorg-sgml-doctools
…
xphelloworld
…
xplor-nih
…
xplsprinters
…
xpr
…
xprehashprinterlist
…
xprop
…
xproto
…
xproxymanagementprotocol
…
xqilla
…
xrandr
…
xrdb
…
xrefresh
…
xrootd
Adding openssl dependency to xrootd. Closes #6601 (#6618)
2017-12-08 10:33:08 +01:00
xrx
…
xsbench
…
xscope
…
xsdk
xsdk: update xsdk@develop to use sundials, plasma, magma (#6649)
2017-12-12 09:31:08 -08:00
xsdktrilinos
…
xset
…
xsetmode
…
xsetpointer
…
xsetroot
…
xsimd
Add Maintainer (#6575)
2017-12-05 14:27:56 -07:00
xsm
…
xstdcmap
…
xtensor
Add Maintainer (#6575)
2017-12-05 14:27:56 -07:00
xterm
…
xtl
Add Maintainer (#6575)
2017-12-05 14:27:56 -07:00
xtrans
…
xtrap
…
xts
…
xvidtune
…
xvinfo
…
xwd
…
xwininfo
…
xwud
…
xz
…
yajl
…
yaml-cpp
…
yasm
…
yorick
…
z3
…
zeromq
…
zfp
…
zip
…
zlib
…
zoltan
…
zsh
Update zsh to 5.4.2 (#6609)
2017-12-08 10:19:40 -07:00
zstd
…